Batchdestillation refererer til anvendelsen af destillation i portioner (batches), hvilket betyder, at en blanding destilleres for at adskille den i dens bestanddele, før destillationsapparatet igen fyldes med ny blanding, og processen gentages. Dette står i kontrast til kontinuerlig destillation, hvor råmaterialet tilføres, og destillatet udtages uden afbrydelse. Batchdestillation har altid været en vigtig del af produktionen af sæsonbetonede eller lavkapacitets- og højrenheds-kemikalier. Det er en meget hyppig separationsproces i lægemiddelindustrien.

Den simpleste og mest anvendte konfiguration for batchdestillation er batch rectifier (rektifikationsopstilling), som inkluderer alembik og pot still.
Batch rectifier består af en kedel (eller reboiler), en rektifikationskolonne, en kondensator, en metode til at udtage en del af den kondenserede damp (destillatet) som reflux samt én eller flere opsamlingsbeholdere.
Kedlen fyldes med væskeblandingen og opvarmes. Dampen bevæger sig op gennem rektifikationskolonnen og kondenserer i toppen. Normalt returneres hele kondensatet i starten til kolonnen som reflux. Denne kontakt mellem damp og væske forbedrer separationen betydeligt. Denne fase kaldes typisk opstartsfasen. Det første kondensat kaldes head (forløb) og indeholder uønskede komponenter. Det sidste kondensat kaldes feints (efterløb) og er også uønsket, selvom det kan bidrage med smag. Mellem disse ligger heart (hjertet), som udgør det ønskede produkt.
Forløb og efterløb kan kasseres, tilbageføres som reflux eller tilsættes næste batch af mæsk/juice, afhængigt af destillatørens praksis. Efter noget tid udtages en del af kondensatet kontinuerligt som destillat og opsamles i beholdere, mens resten recirkuleres til kolonnen som reflux.
På grund af forskelle i damptryk vil sammensætningen af destillatet ændre sig over tid. Tidligt i batchprocessen vil destillatet indeholde en høj koncentration af de mest flygtige komponenter. Efterhånden som disse fjernes, vil andelen af tungere komponenter stige.

En anden simpel konfiguration for batchdestillation er batch stripper.
Batch stripper består af de samme hovedkomponenter som batch rectifier. I dette tilfælde er kedlen (charge pot) dog placeret over strippingkolonnen.
Under drift (efter påfyldning og opstart) separeres de højtkogende komponenter primært fra blandingen. Væsken i kedlen bliver dermed fattigere på højtkogende komponenter og en større andel af lavtkogende komponenter. De højtkogende produkter ledes til bundproduktbeholdere. Den resterende lavtkogende væske udtages fra kedlen.
Denne form for batchdestillation anvendes kun sjældent i industrielle processer.