Det biologiske ur er en molekylær mekanisme der regulerer døgnrytmen hos de levende organismer. Mekanismen består af en række gener og deres genprodukter, proteiner, der indgår i et komplekst mønster af vekselvirkninger med bl.a. melatonin, andre hormoner og ydre lyspåvirkninger. For nylig er det også påvist at døgnrytmen kan ændres ved fysisk aktivitet.
Kronobiologerne Jeffrey C. Hall, Michael Rosbash og Michael W. Young er i 2017 blevet tildelt Nobelprisen i fysiologi eller medicin for deres opdagelser af molekylære mekanismer, der kontrollerer det biologiske ur.
I bananfluen:
I pattedyr:
Mange biologiske funktioner i de multicellulære organismer kontrolleres eller påvirkes af det biologiske ur. Det sker på det molekylære plan gennem aktivering eller hæmning af gener, hvis genprodukter er vigtige komponenter i organismernes funktion som f.eks. søvn, blodtryk, aktivitetsniveau, hormonniveau, kropstemperatur, immunfunktion og fordøjelse.