Boddum Bakker er et lyng- og skovbevokset landskab ved Skibsted Fjord, øst for tunneldalen mellem halvøen Boddum og det øvrige Thy. Områdets højeste punkt er Kløvenhøj, 41 m.o.h..
Området er sammen med Brokær, skråningerne på begge sider af Boddum Bæk, brakvandssøen Dover Kil i den nordlige ende af tunneldalen og Ydby Skjold med Ydby Hede vest for tunneldalen, fredet af flere omgange, senest i 1991. I området findes en af Danmarks største koncentrationer af bronzealderhøje. Boddum Bæk i bunden af tunneldalen er en del af Natura 2000-område nr. 28 Agger Tange, Nissum Bredning, Skibsted Fjord og Agerø.