Forfatterskab
Clara Raphael, Tolv Breve skildrer livet for en ung kvinde, der arbejder som guvernante i provinsen. Hendes ideer om hendes selvstændighed passer ikke lokalbefolkningen, og hun beslutter sig til at gøre Damernes Emancipation til sit livsmål. Der er klare paralleller mellem bogen og Mathilde Fibigers eget liv. Bogen udkom omkring jul 1850 (på titelbladet: 1851). Hun var 20 år. Den havde forord af ingen ringere end Johan Ludvig Heiberg).
Set i lyset af den omvæltning, det danske samfund oplevede i 1848-50, var bogens ideer for vidtgående for mange, og den livlige debat, der fulgte i løbet af 1851, fik navnet Clara Raphaelfejden. Selv de negative anmeldere anerkendte Fibigers litterære talent, og selv om forbindelsen til Heiberg blev afbrudt, og Heiberg aldrig forsvarede Fibiger, skaffede bogen hende kontakt med Hans Egede Schack og Meïr Aron Goldschmidt. De havde kritiseret bogen sønderlemmende. Og med N.F.S. Grundtvig, som havde hilst den velkommen som ægte dansk og ægte menneskelig. Mathilde Fibiger bidrog til fejden med to skrifter: et forklarende skrift om kvindefrigørelsen og en novelle, som viste forskellene på de to køns vilkår.
I sine senere bøger En Skizze efter det virkelige Liv (1853), og Minona (1854) tager Fibiger livtag med sin ungdoms radikalitet. Væsentligst er Minona, som med sin komplicerede og højt opspændte incesthistorie er hendes betydeligste litterære værk. Romanen var ingen skandalesucces, kun skandale.
Fibigers skønlitterære forfatterskab blev aldrig fortsat.
Kvindesagen
Fibigers debutroman, Clara Raphael, havde stor indflydelse på kvindebevægelsen, og derfor regnes hun ofte som Danmarks første kvindesagsforkæmper. Hun blev derfor inviteret til at være medlem af Dansk Kvindesamfund fra dets stiftelse i 1871. Dansk Kvindesamfunds Mathildeprisen er opkaldt efter hende. Den blev oprettet i 1970 og gives til kvinder, mænd, organisationer, virksomheder og andre, der på afgørende måde arbejder for gennemførelsen af den fulde retslige og faktiske ligestilling mellem kvinder og mænd. Ligeledes opførte Kvindernes Boligselskab bygningen Clara Raphaels Hus i 1918-20 på Østerbrogade 85 i København Ø, med 150 værelser, restaurant og vaskeri. Ejendommen blev opført med det formål at bygge en ejendom til selverhvervende kvinder, hvilket stadig var meget nyt og usædvanligt, ligesom det var svært for enlige kvinder overhovedet at opnå en bolig. Huset fungerer fortsat den dag i dag.
