Historie
Faderhuset blev grundlagt i København i 1990 af ægteparret Knut og Ruth Evensen, som siden 1970'erne havde været aktive i forskelligt kristent arbejde. I begyndelsen var den kendt for sit sociale arbejde blandt storbyens dårligt stillede grupper. I 1994 oprettede menigheden den kristne friskole Samuelskolen. I 1998 overtog Ruth Evensen ledelsen af Faderhuset, og det medførte en radikal ændring af både ledelsesstilen og teologien, hvor vægten nu blev lagt på vækkelse, åndelig kamp og syndsopgør. Det førte til, at omkring halvdelen af medlemmerne forlod menigheden i protest mod ledelsen. Samuelskolen mistede sit statstilskud i 2005, og i 2006 lukkede skolen efter kritik fra tilsynsmyndighederne og beskyldninger om tungetale og djævleuddrivelse i undervisningen. De tilbageværende samlede sig i en ny og strammere vision om åndelig renhed og missionsvirksomhed.
Såvel omstændighederne omkring lukningen af Samuelskolen som et kristent "korstog" på Nørrebro, som Faderhuset organiserede sammen med prædikanten Moses Hansen i 2002, og Faderhusets rolle i forbindelse med afviklingen og nedrivningen af Ungdomshuset på Jagtvej i København medførte, at Faderhuset blev centrum for en massiv offentlig opmærksomhed i 2000'erne.
I 2007 skrev Kristeligt Dagblad, at Faderhuset ifølge Ruth Evensen havde ca. 120 medlemmer, mens andre kilder angav 30-40 medlemmer.
Ungdomshuset
Faderhuset overtog i 2001 alle aktier i selskabet Human A/S, der ejede ejendommen Jagtvej 69 på Nørrebro i København. Bygningen, der indtil 5. marts 2007 lå på grunden, var kendt som Ungdomshuset og havde siden 1982 fungeret som selvstyret kulturhus for unge med tilknytning til det autonome miljø.
Kort efter at Faderhuset købte ejendommen, forsøgte de med henvisning til en brugeraftale af 1997 indgået mellem Københavns Kommune og repræsentanter for Ungdomshuset at tage huset i besiddelse. Da dette mislykkedes, valgte Faderhuset at gå rettens vej, og 2002-2006 kørte der retssager, først ved Københavns byret og siden Østre Landsret. Faderhuset fik medhold ved begge instanser. Dommen fra Østre Landsret i august 2006 betød, at de unge skulle forlade huset senest 14. december 2006, hvilket de nægtede at gøre. Politiet ryddede derfor huset 1. marts 2007. Få dage efter rydningen rev Faderhuset bygningen ned, og i 2010 solgte menigheden tomten til Investeringsselskabet Ventureinstituttet.
Flytning til Bandholm
I 2006 købte Faderhuset det tomme Bandholm Hotel i Bandholm på Lolland og drev hotellet i de følgende år. Efter hotelanskaffelsen købte menigheden flere andre ejendomme i byen og flyttede sit hovedkvarter dertil. Ejendomsopkøbene blev delvist finansieret med lån fra yderligtgående kristne i det amerikanske bibelbælte.
Anklager om vold og omsorgssvigt
I 2008 bragte blandt andet DR historier om, at børn i den kristne frikirke skulle være blevet udsat for vold eller anden grov omsorgssvigt. Politiet fandt dog ikke holdepunkter for at antage, at der var begået strafbare forhold, og henlagde derfor sagen.
Officiel nedlæggelse
Efter menighedens mening var den offer for en hadekampagne, og i 2013 nedlagde den officielt sig selv. Knut Evensen opsagde sin stilling som præst med virkning fra 31. december. En præst kaldte i den forbindelse Faderhuset for "et sygt religiøst fællesskab, der nu er afgået ved døden." Ifølge flere tidligere medlemmer var nedlæggelsen dog ikke reel. I stedet fortsatte organisationens aktiviteter på forskellige steder i udlandet eller online. I september 2016 forsvandt en gruppe børn med tilknytning til den tidligere menighed pludselig fra Bandholm, efter at MetroXpress havde offentliggjort en artikel om djævleuddrivelse. Flere af børnene blev senere sporet til adresser i blandt andet Tjekkiet.
Afhændelse af hotellet
Efter nedlæggelsen var Bandholm Hotel i nogle år fortsat ejet af Ruth Evensens mand Lars Henrik Kristiansen, mens deres søn, Joseph Kristiansen (tidligere Asbjørn Evensen), var administrerende direktør. I september 2019 blev hotellet solgt til Bandholm Hotel Holding, der havde Peter Hauge som selskabets direktør og Peter Bøgil som hoteldirektør, og som ville drive hotellet videre.