Schitoviridae

Schitoviridae

Schemazeichnung: Virion des Enterobacteria-Phagen N4
(Gattung Enquatrovirus), Querschnitt und Seitenansicht

Systematik
Klassifikation: Viren
Realm: Duplodnaviria
Reich: Heunggongvirae
Phylum: Uroviricota
Klasse: Caudoviricetes
Ordnung: incertae sedis
Familie: Schitoviridae
Taxonomische Merkmale
Genom: dsDNA linear
Baltimore: Gruppe 1
Symmetrie: ikosaedrisch, tailed
(Podoviren)
Wissenschaftlicher Name
Schitoviridae
Links
ICTV Taxon History: 202011768
NCBI Taxonomy: 2842329
ViralZone (Expasy, SIB): 10343

Schitoviridae (Aussprache italienisch: ‚Skito‘-) ist die Bezeichnung für eine 2021 vom International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) neu eingerichtete Familie von Viren mit sog. Kopf-Schwanz-Aufbau (Ordnung Caudovirales).

Die Mitglieder der Familie Schitoviridae sind Bakterienviren (Bakteriophagen), ihre Wirte gehören zu den Proteobakterien.

Etymologie

Die Familie wurde zu Ehren von Gian Carlo Schito (alias Giancarlo Schito, * 22. August 1935 in Sanremo, Italien) benannt, einem italienischen Mikrobiologen (Bakteriologen und Phagenforscher) an der University of Genoa Medical School. Er isolierte als erster den Escherichia-Phagen N4 (Gattung Enquatrovirus, Unterfamilie Enquatrovirinae), der lange Zeit vom Genom her ein „Waisenkind“ ohne nähere bekannte Verwandten war.

Beschreibung

Morphologie

Die Virionen (Viruspartikel) der Schitoviridae sind vom Morphotyp der Podoviren innerhalb der Klasse Caudoviricetes: Kopf-Schwanz-Aufbau mit kurzer Schwanzstruktur und einen ikosaedrischen Kopf, 50 bis 70 nm im Durchmesser. Der kurze Schwanz ist 10 bis 40 nm lang.

Genom und Proteom

Genomkarte von Escherichia-Phage N4

Das Genom der Schitoviridae ist ein lineares Doppelstrang-DNA-Molekül (dsDNA), die Länge liegt meist zwischen 59 und 79 kbp (Kilobasenpaaren). Die lineare dsDNA ist terminal redundant: sie trägt terminale Repeats von ca. 300-2000 bp (LTRs). Insgesamt gibt es im Genom zwei RNA-Polymerase-Gene im Genom-Bereich für frühe (d. h. früh nach der Infektion exprimierte) Gene. Darunter befindet sich ein Gen für eine große Virion-assoziierte RNA-Polymerase. Die Replikation erfolgt aufgrund einer phagenkodierten DNA-Polymerase. Bei einigen Mitgliedern hat man tRNAs identifiziert.

Wirte

Die natürlichen Wirte der Schitoviridae finden sich unter den Proteobacteria, genauer den Alpha-, Beta- und Gammaproteobacteria; Beispiele für Wirtsgattungen sind Roseobacter, Achromobacter, Escherichia und Pseudomonas.

Systematik

Innere Systematik

Die Familie Schitoviridae setzt sich gemäß ICTV mit Stand 24. Mai 2026 (MSL #41v1) wie folgt zusammen:

Familie Schitoviridae

TEM-Aufnahmen der Phagen RLP1 (oben) und RPP1 (unten), beide Plymouthvirus RPP1

Äußere Systematik

Die Mitglieder der vorgeschlagenen Gattung „Alteavirus“ weisen größere Genome von etwa 104 kbp auf als die Schitoviridae; sie werden als verwandt, aber nicht als Mitglieder der Familie angesehen. Sie bilden daher augenscheinlich die Schwesterklade der Schitoviridae (siehe Vorschlag an das ICTV, „ViPTree analysis“):

  • Gattung „Alteavirus“
    • Spezies „Alteromonas-Phage vB_Amap_AD45-P1“ (en. „Alteromonas phage vB_Amap_AD45-P1“)
    • Spezies „Alteromonas-Phage vB_Amap_AD45-P2“ (en. „Alteromonas phage vB_Amap_AD45-P2“)
    • Spezies „Alteromonas-Phage vB_Amap_AD45-P3“ (en. „Alteromonas phage vB_Amap_AD45-P3“)
  • Spezies „Alteromonas-Phage vB_Amap_AD45-P4“ (en. „Alteromonas phage vB_Amap_AD45-P4“)

Anmerkungen

  1. ↑ teilweise verschrieben als Schitzoviridae

Weiterführende Literatur

Einzelnachweise

  1. 1 2 ICTV: ICTV Master Species List 2020.v1, New MSL including all taxa updates since the 2019 release, March 2021 (MSL #36)
  2. ↑ ICTV: ICTV Master Species List 2021.v2, New MSL including some corrections.
  3. ↑ ICTV: Virion Diagrams, § Bacteria: Page 3.
  4. 1 2 3 4 5 6 7 8 E. M. Adriaenssens, T. Tolstoy, A. M. Kropinski, C. Moraru, J. Wittmann: 2020.146B.R.Schitoviridae.zip (docx, xlsx), Vorschlag an das ICTV 2020.146B.R.Schitoviridae: Create one new family (Schitoviridae) including eight existing subfamilies and 40 existing genera (Caudovirales), 6. Juli 2020.
  5. ↑ ICTV: Proposals ratification list 2021 (Memento vom 11. April 2021 im Internet Archive)
  6. ↑ ICTV: Bacterial and archaeal virus proposals (Seite nicht mehr abrufbar, festgestellt im Januar 2023. Suche im Internet Archive) ( Info: Der Link wurde automatisch als defekt markiert. Bitte prüfe den Link gemäß Anleitung und entferne dann diesen Hinweis.) (zip): 2020.146B.R.Schitoviridae.xlsx
  7. ↑ Johannes Wittmann, Dann Turner, Andrew D. Millard, Padmanabhan Mahadevan, Andrew M. Kropinski, Evelien M. Adriaenssens: From Orphan Phage to a Proposed New Family–The Diversity of N4-Like Viruses. In: MDPI: Antibiotics, Band 8, Nr. 10, Special Issue Phage Diversity for Research and Application, 663, 30. September 2020; doi:10.3390/antibiotics9100663
  8. ↑ ICTV: Taxonomy Browser.
  9. ↑ ICTV: Virus Metadata Resource (VMR).
  10. ↑ SIB: Enquatrovirus. Auf: ViralZone.
  11. 1 2 3 4 5 6 Jacqueline Z.-M. Chan, Andrew D. Millard, Nicholas H. Mann, Hendrik Schäfer: Comparative genomics defines the core genome of the growing N4-like phage genus and identifies N4-like Roseophage specific genes, in: Frontiers in Microbiology, Band 5, Nr. 506, 10. Oktober 2014, doi:10.3389/fmicb.2014.00506, (PDF). Siehe insbes. Phylogenetischen Baum Fig. 5
  12. ↑ NCBI: Sulfitobacter phage EE36phi1
  13. ↑ NCBI: Sulfitobacter phage phiCB2047-B
  14. ↑ NCBI: Achromobacter phage JWDelta
  15. ↑ NCBI: Alteromonas phage vB_AmaP_AD45-P1 (species, unclassified Podoviridae)
  16. ↑ NCBI: Alteromonas phage vB_AmaP_AD45-P2 (species, unclassified Podoviridae)
  17. ↑ NCBI: Alteromonas phage vB_AmaP_AD45-P3 (species, unclassified Podoviridae)
  18. ↑ NCBI: Alteromonas phage vB_AmaP_AD45-P4 (species, unclassified Podoviridae)