Bory wurde in Agen geboren. 1787 zog die Familie mit ihm nach Bordeaux.
Bory schiffte sich im Oktober 1800 ein, um als Naturgeschichtler an der Weltexpedition von Nicolas Baudin von 1800 bis 1804 teilzunehmen. Bory verließ das Schiff in Mauritius im März 1801. Er verbrachte zwei Jahre mit der Erforschung von Réunion und weiteren Inseln. Am 25. Oktober 1801 erlebte er einen Ausbruch des Vulkans Piton de la Fournaise auf Réunion. Am 11. Juli 1802 kehrte er ins französische Mutterland zurück.
Die Gattung BoryaLabill. (1805) aus der Pflanzenfamilie Boryaceae ist nach ihm benannt worden.
Schriften (Auswahl)
Mémoire sur les genres Conferva et Byssus du chevalier O. Linné. Louis Cavazza, Bordeaux 1796 (Digitalisat).
Essais sur les Isles Fortunées et l’antique Atlantide, ou Précis de l’histoire générale de l’archipel des Canaries. Baudouin, Paris 1803 (Digitalisat).
Voyage dans les quatre principales îles des mers d’Afrique, fait par ordre du gouvernement pendant les années neuf et dix de la République (1801 et 1802) […]. 3 Bände, F. Buisson, Paris 1804 (Band 1, Band 2, Tafeln).
Voyage souterrain, ou description du plateau de Saint-Pierre de Maestricht et de ses vastes cryptes. Paris 1821 (Digitalisat).
Nouvelle flore du Péloponnèse et des Cyclades. (Digitalisat) – mit Louis-Athanase Chaubard (1781–1854).
Homme. In: Dictionnaire classique d’histoire naturelle. Band 8, Paris 1825, S. 269–346 (Digitalisat) – 15 Menschenrassen.
2. Auflage: L’homme (homo). Essai zoologique sur le genre humain. Rey et Gravier, Paris 1827 (Band 1, Band 2).
3. Auflage, Rey et Gravier, Paris 1836 (Band 1, Band 2).
Expédition scientifique de Morée. Section des Sciences physiques 4 Bände, 1 Atlas, F. G. Lerrault, Paris / Strasbourg 1832–1836 – Morea-Expedition:
Band 1: Relation. F. G. Lerrault, Paris / Strasbourg 1836 (Digitalisat).
Band 2, Teil 1: Géographie . F. G. Lerrault, Paris / Strasbourg 1834 (Digitalisat).
Relation du voyage de la Commission scientifique de Morée, dans le Péloponèse, les Cyclades et l’Attique. 2 Bände, F. G. Lecrault, Paris / Strasbourg 1836–1838 (Band 1, Band 2).
Als Mitherausgeber
Annales des sciences physiques. 8 Bände, 1819–1821 (Digitalisate).
Philippe Lauzun: Bory de Saint-Vincent et sa correspondance. Introduction. In: Revue de l’Agenais. Bulletin de la Société d’agriculture, sciences et arts d’Agen. Band 30, Agen 1903:
↑Liste des Premiers Fondateurs de La Société Cuvierienne, Association universelle pour l’avancement de la Zoologie, de l’Anatomie comparée et de la Palaeontologie. In: Revue Zoologique, par La Société Cuvierienne. Année 1838. August 1838, S. 189, Nr. 16 (online).