Die Charles-Darwin-Stiftung für die Galapagosinseln (CDS) (spanisch Fundación Charles Darwin para las Islas Galápagos, FCD; englisch Charles Darwin Foundation for the Galapagos Islands, CDF) ist eine internationale Organisation mit dem Ziel, die Forschung und den Schutz der Galápagos-Inseln voranzutreiben.
Die Charles-Darwin-Stiftung arbeitet auf den Galapagosinseln naturschutzbiologisch unter einer speziellen Verordnung der ecuadorianischen Regierung. Die Organisation ist eingebunden in ein Netz lokaler Akteure und arbeitet eng mit dem Nationalpark Galápagos zusammen.
Die Charles-Darwin-Stiftung wurde 1959 mit der Hilfe von IUCN, UNESCO und Naturschützern aus der ganzen Welt gegründet. Wissenschaftler, Freiwillige und Studenten aus vielen Ländern unterstützen die Arbeit der Charles-Darwin-Stiftung. Wissenschaftliche Direktorin der Charles-Darwin-Stiftung ist seit 2018 María José Barragán-Paladines; geschäftsführender Direktor und CEO ist seit März 2021 Rakan Zahawi.
Die Charles-Darwin-Stiftung ist eine nach belgischem Recht unter der Nummer 371359 registrierte International Non-Profit Association – Nichtregierungsorganisation.

Die 1964 von der Charles-Darwin-Stiftung eröffnete Charles-Darwin-Forschungsstation befindet sich in Puerto Ayora auf der Galápagos-Insel Santa Cruz, dient als Hauptquartier der Foundation und wird genutzt, um wissenschaftliche Forschung zu betreiben und die Umweltbildung zu fördern. Die Station beherbergt ein Team von über 100 Wissenschaftlern, Lehrern, Freiwilligen, Wissenschaftsstudenten und Support-Mitarbeitern. 2002 erhielt die Station den für herausragende Forschungsarbeiten und/oder -leistungen vergebenen International Cosmos Prize.
Koordinaten: 0° 44′ 33,2″ S, 90° 18′ 14,3″ W