Chaseviridae

Chaseviridae

Schemazeichnung eines Virions der Familie
Chaseviridae, Querschnitt und Außenansicht

Systematik
Klassifikation: Viren
Realm: Duplodnaviria
Reich: Heunggongvirae
Phylum: Uroviricota
Klasse: Caudoviricetes
Ordnung: incertae sedis
Familie: Chaseviridae
Taxonomische Merkmale
Genom: dsDNA linear
Baltimore: Gruppe 1
Symmetrie: ikosaedrisch, tailed
(Myoviren)
Wissenschaftlicher Name
Chaseviridae
Links
ICTV Taxon History: 201907737
NCBI Taxonomy: 2731689
ViralZone (Expasy, SIB): 10925

Chaseviridae ist die Bezeichnung für eine Familie von Viren mit sog. Kopf-Schwanz-Aufbau (Klasse Caudoviricetes), deren natürlichen Wirte Mitglieder der bakteriellen Klasse Gammaproteobacteria sind – solche bakteriellen Viren nennt man auch Bakteriophagen. Der erste isolierte Phage von diesem Typ war der Escherichia-Phage φEcoM-GJ1.

Etymologie

Der Name der Familie, Chase, wurde zu Ehren von Martha Cowles Chase (1927–2003) gewählt, die zusammen mit Alfred Hershey experimentell nachgewiesen hat, dass das genetische Material (Erbmaterial) aus DNA (und nicht Protein) besteht (Hershey-Chase-Experiment).

Beschreibung

Mitglieder dieser Familie gehören zur Klasse Caudoviricetes (Viren mit Kopf-Schwanz-Struktur) mit isometrischen (nicht etwa langgestreckten) Köpfen und sind vom Morphotyp Myoviren. Die Köpfe haben einen Durchmesser von ca. 62 nm, die kontraktilen Schwänze eine Länge von ca. 120 nm. Die Wirte sind Bakterien der Gattungen Aeromonas, Erwinia, Escherichia, Pectobacterium und Shewanella, alles Mitglieder der Klasse der Gammaproteobakterien.

Das Genom der Mitglieder der Chaseviridae hat im Durchschnitt eine Länge von 54,2 kbp (Kilobasenpaaren), darunter sind ca. 2,6 kbp direkte terminale Wiederholungen (englisch direct terminal repeats, DTRs). Der GC-Gehalt liegt bei ca. 46,5 mol% (43,6 – 52,8 mol%). Das Genom kodiert für etwa 77 Proteine und in einigen Fällen auch für eine tRNA (Transfer-RNA). Außer dort, wo Gattungen mit mehreren Arten identifiziert haben, zeigen die Mitglieder dieser Gruppe als Ganzes nur eine sehr geringe Verwandtschaft in der DNA-Sequenz, was mit der Bandbreite des GC-Gehalts korreliert.

Auf der Proteinebene (Proteom) teilen sich Erwinia-Phagen vB_ EamM-Y2 und Shewanella-Phagen SpYZU05 34,8 % Homologe. Zu den gemeinsamen Proteinen gehören die RNA-Polymerase, die DNA-Polymerase, die Primase und die Exonuklease. In den Analysen von Adriaenssens, Krupovic et al. (2020) gruppierten sich Aeromonas-Phage pAh6-C, Escherichia-Phage φEcoM-GJ1, Erwinia-Phage vB_EamM-Y2, Pectobacterium-Phage PM1 und Shewanella-Phage Spp001 in ein Cluster. Diese Analyse legte die Abgrenzung zweier Unterfamilien nahe: die eine umfasst die Gattungen Carltongylesvirus, Faunusvirus, Loessnervirus und Suwonvirus; die andere umfasst die Gattungen Pahsextavirus und Yushanvirus.

Systematik

Gemäß International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) gliedert sich die Familie Chaseviridae nach einigen Neuzugängen mit Stand Mai 2026 (MSL #41v1) wie folgt in Unterfamilien, Gattungen und Arten (von letzteren ist hier nur eine Auswahl wiedergegeben, zusammen mit einer Auswahl an Vorschlägen nach NCBI in Anführungszeichen):

Familie Chaseviridae

Anmerkungen

  1. 1 2 Die offiziell bestätigte Bakteriophagen-Spezies Faunusvirus ist nicht zu verwechseln mit der vorgeschlagenen Riesenviren-Spezies „Faunusvirus sp.“ der Mimiviridae-Unterfamilie Aliimimivirinae (Cafeteriaviren)

Einzelnachweise

  1. 1 2 ICTV: ICTV Master Species List 2019.v1, New MSL including all taxa updates since the 2018b release, March 2020 (MSL #35)
  2. 1 2 ICTV: ICTV Master Species List 2020.v1, New MSL including all taxa updates since the 2019 release, March 2021 (MSL #36)
  3. 1 2 3 4 5 6 Evelien M. Adriaenssens, Mart Krupovic et al.: Taxonomy of prokaryotic viruses: 2018–2019 update from the ICTV Bacterial and Archaeal Viruses Subcommittee. In: Archives of Virology, Band 165, 11. März 2020, S. 1253–1260; doi:10.1007/s00705-020-04577-8, hdl:1874/395478, ResearchGate:339882046 (englisch).
  4. ↑ ICTV: Taxonomy Browser.
  5. ↑ ICTV: Virus Metadata Resource (VMR).
  6. ↑ NCBI: Chaseviridae (family)