Im Zweiten Weltkrieg war Scheibe von 1941 bis 1945 im Kriegsdienst eingesetzt. Während dieser Zeit malte er gelegentlich Porträts von Soldaten und Vorgesetzten. Von 1941 bis 1944 war er in jeder Großen Deutschen Kunstausstellung im Münchner Haus der Deutschen Kunst vertreten. Das 1941 ausgestellte Aquarell „Abend am Main“ wurde von Joseph Goebbels erworben, den „Fränkischen Bauernbub“ kaufte der Würzbürger Oberbürgermeister Theo Memmel, andere ausgestellte Werke tragen die Titel „Meine Mutter im Kriegsjahr 1940“, „Gudrun“ und „Sommerliche Idylle“.
Von 1945 bis 1948 wirkte Scheibe als freier Maler in Heidelberg, wo er seinen eigenen Stil entwickelte. Nach seiner Rückkehr nach München war er von 1949 bis 1951 als Kunsterzieher am Dom-GymnasiumFreising tätig.
1950 wurde Emil Scheibe ein Mitglied der Münchener Secession. Bedingt durch die Zeit des Nationalsozialismus wurde die Münchener Secession 1938 aufgelöst, nahm jedoch 1946, nach dem Zweiten Weltkrieg, ihre Tätigkeit wieder auf. Im Jahr 1954 gründete Scheibe die Künstlergruppe Münchner Realisten, deren Mitglieder „dem herrschenden Zeitgeschmack zum Trotz gegenständlich arbeiteten.“ Walter Habdank, Albert Heinzinger, Fritz Baumgartner und weitere Maler gehörten zu dieser Gruppierung, die 1956 im Kloster Tegernsee mit einer ersten Ausstellung an die Öffentlichkeit trat.
1955 wurde er Mitglied in der Künstlergruppe Pavillon, die im Kunstpavillon des alten Botanischen Gartens in München bei ihrer zweiten Ausstellung 1951 Otto Dix und Otto Pankok ausgestellt hatten. Um 1960 entstand die Gruppe Neuer Realismus.
Katholische Akademie in Bayern/Landeshauptstadt München Kulturreferat (Hrsg.): Emil Scheibe zum 80. Geburtstag. Täglich verletzt. Täglich gekreuzigt. München 1994.
Städtische Galerie Albstadt (Hrsg.): Emil Scheibe. Aquarelle und Zeichnungen. Städtische Galerie Albstadt. 4. Mai bis 29. Juni 1986. Nr. 43/1986. Albstadt 1986, ISBN 3-923644-14-0.
Kai Hohenfeld: Emil Scheibe (1914–2008) – Das Killerbaby. In: Die dunkle Seite des Mondes. Schattenbilder aus Kunst und Literatur. (= Veröffentlichungen des Kunstmuseums Albstadt. Nr. 181/2019). Ausst.-Kat. Kunstmuseum Albstadt 2019/20, S. 47.
Gottfried Knapp: Aktuell in Münchner Galerien. Diesseits und jenseits des Kunstbetriebs. Ausstellungen von Emil Scheibe, Gerd Winner, Reinhard Pods und Frank Dornseif. In: Süddeutsche Zeitung. 23. Mai. 1985.
Katholische Akademie in Bayern (Hrsg.): Emil Scheibe. Ölbilder und Grafik. Zum „anonymen Christentum“ der technologischen Gesellschaft. München 1975.
Reinhard Müller-Mehlis: Emil Scheibe. In: Hans-Thoma-Gesellschaft (Hrsg.): Emil Scheibe. 30. April - 4. Juli 1972. (Katalog) Reutlingen 1972.
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Gerd Steffen: Emil Scheibe - Ein Maler als Mahner. In: Treffpunkt Marktkirche. Hannover 1987, S. 86–94.
↑Herbert Schade:Emil Scheibe: Zum "anonymen Christentum" der technologischen Gesellschaft. In: Katholische Akademie in Bayern (Hrsg.): Emil Scheibe. Ölbilder und Grafik. Zum "anonymen Christentum" der technologischen Gesellschaft. München 1975, S.4.
↑Gerhard J. Bellinger, Brigitte Regler-Bellinger:Schwabings Ainmillerstraße und ihre bedeutendsten Anwohner: Ein repräsentatives Beispiel der Münchner Stadtgeschichte von 1888 bis heute. Books on Demand, 2013, ISBN 978-3-8482-6264-9 (google.de[abgerufen am 22.September 2021]).
123Werner Ebnet:Sie haben in München gelebt: Biografien aus acht Jahrhunderten. BUCH&media, 2016, ISBN 978-3-86906-911-1 (google.com[abgerufen am 22.September 2021]).
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↑Emil Scheibe: Aquarelle und Zeichnungen; Städtische Galerie Albstadt, 4. Mai - 29. Juni 1986 (=Veröffentlichungen der Städtischen Galerie Albstadt). Städt. Galerie, Albstadt 1986, ISBN 3-923644-14-0 (uni-heidelberg.de[abgerufen am 25.September 2021]).
↑Adolf Smitmans:Emil Scheibe: die schwarze Serie -Tuschzeichnungen, Gemälde (=Veröffentlichungen der Städtischen Galerie Albstadt). Städtische Galerie, Albstadt 1997, ISBN 3-923644-77-9 (uni-heidelberg.de[abgerufen am 25.September 2021]).