2000er bis frühe 2010er Jahre
Der Verein gewann in der Saison 2002/03 die Gruppe A der Segunda Divisão und nahm anschließend am Spielbetrieb des Campeonato Santomense teil. 2004 stieg man direkt wieder ab, ehe man in der Folgesaison 2006/07 den Wiederaufstieg schaffte. In der nächsten Saison 2009/10 landete man erneut auf einem Abstiegsplatz, blieb aber im Campeonato Santomense, da Agro-Sport Monte Café zwangsabsteigen musste. So blieb man bis 2013 in der höchsten Spielklasse, wo der Klub schließlich wieder den Gang in die zweite Liga antreten musste. Ein Jahr später stieg Cruz dann erstmals in den Campeonato Nacional da Divisão de Honra als Tabellenletzter ab.
Almeirim
