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Sein beruflicher Werdegang begann in der kirchlichen Sozialarbeit und Erwachsenenbildung. Von 1971 bis 1990 hatte er einen Lehrauftrag an der Diakonenschule in Rummelsberg. Danach lebte er als freier Schriftsteller im benachbarten Schwarzenbruck. Er war Mitglied zahlreicher Fachgesellschaften; für sein theologisch-publizistisches Schaffen wurde er von der Augustana-Hochschule Neuendettelsau zum „Doktor der Theologie ehrenhalber“ (Dr. theol. h. c.) ernannt.
Ein Hauptanliegen seiner Tätigkeit war die Vermittlung zwischen den verschiedenen Disziplinen, Konfessionen und Weltanschauungsrichtungen. Dieses Bemühen fand seinen Ausdruck auch darin, dass Wehr seine Werke zum einen sowohl in anthroposophisch ausgerichteten Verlagen wie Novalis, Urachhaus oder Pforte, als auch dem Hausverlag des Deutschen Kollegiums für transpersonale Psychologie, Via Nova, veröffentlichte. Zum anderen wahrte er den Kontakt zu den tradierten christlichen Konfessionen. Seine Bücher wurden von evangelisch-lutherisch orientierten Verlagen wie Claudius und vom römisch-katholisch begründeten Verlag Herder herausgegeben. Auch für die ökumenisch ausgerichtete linkskatholische Zeitschrift Publik-Forum sowie für die Hauszeitschrift der Swedenborgianer in Deutschland, Offene Tore, hat er Artikel beigesteuert.
Hilmar von Hinüber. Ein sozialer Pionier. Urachhaus, Stuttgart 2000, ISBN 978-3-8251-7326-5
C. G. Jung. Mit Selbstzeugnissen und Bilddokumenten dargestellt. Rowohlt Taschenbuch (rm 152), Reinbek 1969, ISBN 978-3-499-50152-4
C. G. Jung und Rudolf Steiner. Konfrontation und Synopse. Klett-Cotta, Stuttgart 1972; Neuauflage ebd. 1998, ISBN 978-3-608-91934-9
Carl Gustav Jung. Leben – Werk – Wirkung. Kösel, München 1985; Diogenes Taschenbuch, Zürich 1988; 3. erw. A. Telesma, Schwielowsee 2009, ISBN 978-3-941094-01-7
Martin Luther. Mystische Erfahrung und christliche Freiheit im Widerspruch. Novalis, Schaffhausen 1983 (2. A. 1996)
Friedrich Rittelmeyer. Religiöse Erneuerung als geistiger Brückenschlag zwischen den Zeiten. Anders Leben, Wies 1985
stark erweiterte Neuausgabe als: Friedrich Rittelmeyer. Sein Leben – Religiöse Erneuerung als Brückenschlag. Urachhaus, Stuttgart 1998, ISBN 3-8251-7176-0
Der Chassidismus. Mysterium und spirituelle Lebenspraxis, Aurum, Freiburg 1978
Deutsche Mystik. Gestalten und Zeugnisse religiöser Erfahrung von Meister Eckhart bis zur Reformationszeit, Siebenstern (GTB 365), Gütersloh 1980
Zugang zur Bibel heute. Neue Möglichkeiten spiritueller Erfahrung, Die Kommenden, Freiburg 1982
Auf den Spuren urchristlicher Ketzer. Christliche Gnosis und heutiges Bewußtsein, Novalis, Schaffhausen 1983
Heilige Hochzeit. Symbol und Erfahrung menschlicher Reifung, Kösel, München 1986
Die deutsche Mystik. Mystische Erfahrung und theosophische Weltsicht, Barth, München 1988
Neuauflage als: Die deutsche Mystik. Leben und Inspiration gottentflammter Menschen in Mittelalter und Neuzeit, Sonderausgabe 2006, ISBN 978-3-938484-86-9
Wörterbuch der Esoterik. Zugänge zum spirituellen Wissen von A–Z, Herder Taschenbuch, Freiburg 1989
Auf dem Weg zu einer geisteswissenschaftlich fundierten Psychotherapie, Wege, Freiburg 1992, ISBN 978-3-936005-12-7
Der innere Weg. Anthroposophische Erkenntnis, geistige Orientierung und meditative Praxis, Mellinger, Stuttgart 1994, ISBN 978-3-88069-324-1
Spirituelle Meister des Westens. Leben und Lehre, Diederichs (Gelbe Reihe 116), München 1995
Neuausgabe als: Spirituelle Meister des Westens. Von Rudolf Steiner bis C.G. Jung, Hugendubel (Diederichs Gelbe Reihe), Kreuzlingen 2007, ISBN 978-3-7205-3025-5
Die Schrift aus der Mitte. Produktive Verwandlung einer Existenzkrise, Via Nova, Petersberg, ISBN 978-3-928632-12-6
Neuauflage als: Die großen Psychoanalytiker, Patmos, Düsseldorf 2003, ISBN 978-3-491-69802-4
Mystik im Protestantismus. Von Luther bis zur Gegenwart, Claudius, München 2000, ISBN 978-3-532-62252-0
Die sieben Weltreligionen: Christentum, Judentum, Islam, Buddhismus, Hinduismus, Taoismus, Konfuzianismus. Die Lehren, die Unterschiede, die Gemeinsamkeiten, Hugendubel, Kreuzlingen 2002, ISBN 978-3-7205-2310-3
Theologia Deutsch. Eine Grundschrift deutscher Mystik, Aurum, Freiburg 1980
Rosenkreuzerische Manifeste. Die Grundschriften der Rosenkreuzer und Goethes Fragment „Die Geheimnisse“, Novalis, Schaffhausen 1980
Neuausgabe als: Die Bruderschaft der Rosenkreuzer. Die Originaltexte und Goethes Fragment ‚Die Geheimnisse‘, Sonderausgabe 2007, ISBN 978-3-86647-146-7
Meister Eckhart: Mystische Traktate und Predigten, Diederichs, München 1999
Der Stimme der Mystik lauschen. Weisheit für jeden Tag des Jahres, Kösel, München 2005, ISBN 978-3-466-36700-9
Martina Fritze: Gerhard Wehr (1931–2015). In: Thomas Greif (Hrsg.): Kaiser, Kanzler, Rummelsberger. 21 Fußnoten deutscher Geschichte. Begleitband zur Ausstellung im Diakoniemuseum Rummelsberg. Kunstverlag Josef Fink, Lindenberg im Allgäu 2017, ISBN 978-3-95976-088-1, S. 221–229.