Der Halifax Wanderers Football Club wurde Mai 2018 in Halifax, Nova Scotia, gegründet. Stephen Hart, der ehemalige Cheftrainer der Fußballnationalmannschaften von Kanada und Trinidad und Tobago, wurde der erste Cheftrainer des Vereins.
Vor Beginn der ersten Saison der Canadian Premier League im 2019 spielen sie am 28. Juli 2018 ihr erstes Freundschaftsspiel gegen Fortuna Düsseldorf U-21. In ihrer ersten Saison belegten sie den letzten Platz, den siebten. In ihrem ersten Spiel in der Canadian Premier League unterlagen die Halifax Wanderers Pacific FC mit 0:1. Das erste Tor in der Vereinsgeschichte erzielte Akeem Garcia am 4. Mai 2019 in einem Spiel gegen Forge FC.
In der Saison 2020 der Canadian Premier League belegte der Verein den zweiten Platz. Aufgrund der COVID-19-Pandemie fand die gesamte Saison vollständig auf Prince Edward Island statt. In der Saison 2021 belegte der Verein den sechsten Platz. Wanderers StürmerJoão Morelli war in dieser Saison der beste Torschütze der Liga. Im November 2022 löste Patrice Gheisar Stephen Hart als Cheftrainer ab. Im August 2023 wurde João Morelli positiv auf Clomifen getestet. Morelli beendete seine Karriere im November 2023 und erhielt im Juni 2024 eine achtzehnmonatige Sperre. Nach dem Ende der Saison 2025 wurde bekannt gegeben, dass Cheftrainer Patrice Gheisar in der Saison 2026 nicht zurückkehren wird.