Johan Henrik Lilius (geboren am 3. Februar 1939 in Wyborg; gestorben am 12. Juni 2024 in Helsinki) war ein finnlandschwedischer Kunst- und Architekturhistoriker.
Lilius wurde 1967 promoviert, während er einem Forschungsauftrag an der finnischen Akademie nachkam. Von 1972 bis 1976 war er Direktor des Institutum Romanum Finlandiae in Rom und der erste Kunsthistoriker in dieser Position. Während seiner Direktoriumszeit konzentrierte sich der Forschungsschwerpunkt des Instituts auf die Bäderausstattungen der Renaissance. Lilius verfasste zudem eine umfassende Monografie zu Geschichte und Ausstattung der Villa Lante, dem Sitz des Instituts. Im Anschluss folgte Lilius 1976 einem Ruf an die vormalige Technische Universität Helsinki auf den Lehrstuhl für Architekturgeschichte. Im Jahr 1983 wechselte er auf den Lehrstuhl für Kunstgeschichte an der Universität Helsinki und lehrte dort bis 1993.
Von 1993 bis 2003 war Lilius Generaldirektor der finnischen Altertumsverwaltung mit dem Titel „Staatsarchäologe“. Während dieser Zeit war er im Jahr 2000 Vizepräsident und 2001 Präsident des World Heritage Committee, dessen 25. Versammlung er 2001 in Helsinki durchführte. In seinem umfangreichen Schriftwerk setzte sich Lilius vorrangig mit Fragen der finnischen und der italienischen Architektur auseinander.