Hodarchaeum

„Candidatus Hodarchaeum“ ist eine Kandidaten-Gattung von Archaeen. Sie gehört zur mono­typischen Kandidaten-Familie „Ca. Hodarchaeaceae“ und mit dieser zur monotypischen Kandidaten-Ordnung „Ca. Hod­archae­ales“ (früher als LC-3 bezeichnet). Diese gehört zur monotypischen Kandidaten-Klasse „Ca. Hod­arch­aeia“ im monotypischen Kan­di­daten-Phylum „Ca. Hod­archaeota“. Während dieses Phylum in der LPSN ohne Zuordnung zu einem Archaeen-Reich ist, wird es in der NCBI-Taxonomie dem Reich Pro­methe­archaeati (Asgard-Ar­chae­en) zugeordnet.

Die GTDB klassifiziert jedoch abweichend die (Kandidaten-)Ord­nung Hodarchaeales in die Klasse Heimdallarchaeia im Phylum Asgardarchaeota (entspricht dort vom Umfang her dem Reich Promethearchaeati).

„Ca. Hodarchaeum“ umfasst die einzige (Kandidaten-)Art „Ca. Hodarchaeum mangrovi“. Die GTDB ordnet jedoch zusätzlich etliche DNA-Sequenzen („Isolate“) aus der Metagenomik weiteren Spezies der Gattung zu, die in der NCBI-Taxonomie meist den Hodarchaeen ohne nähere Zuordnung (incertae sedis) untergeordnet werden.

Forschungsgeschichte

Yang Liu, Yuri I. Wolf, Eugene V. Koonin, Meng Li et al. veröffentlichten 2021 eine vergleichende Analyse von 162 vollständigen oder nahezu vollständigen Genomen von Asgard-Archaeen. Darunter befanden sich 75 neue MAGs (aus Metagenomen zusammengesetzte Genome), was zu dieser Zeit eine erhebliche Erweiterung der phylogenetischen Vielfalt der Asgard-Archaeen darstellte und sie veranlasste, zugleich sechs zusätzliche Phyla in dieser Supergruppe vorzuschlagen. Eines dieser Kandidaten-Phyla war Hodarchaeota, das den Stamm bzw. das MAG As_027 (Spezies „Ca. Hodarchaeum mangrovi“) beherbergt.

Sun et al. klassifizierten 2021 die Ordnung „Ca. Hodarchaeales“ [Klade LC-3] in die Klasse „Ca. Heimdallarchaeia“ zu.

Zhang et al. schlossen 2025 auf Basis einer detaillierten phylogenomischen Analyse unter Einbeziehung mehrerer Markersätze, dass die Eukaryoten bereits vor der Diversifizierung der Klasse „Ca. Heimdallarchaeia“ abzweigten und nicht (wie anderweitig früherer angenommen) zusammen mit „Ca. Hodarchaeales“ innerhalb der Klasse „Ca. Heimdallarchaeia“.

Systematik

Die derzeit akzeptierte Taxonomie basiert auf der List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN) und dem National Center for Biotechnology Information (NCBI), ergänzt um Einträge aus der Genome Taxonomy Database (GTDB), Stand: 4. Januar 2026:

Gattung "Candidatus Hodarchaeum" Liu et al. 2021^(L) bzw. 2020^(N)

• Spezies "Candidatus Hodarchaeum mangrovi" Liu et al. 2021^(L,G) bzw. 2020^(N)
  • Stamm As_027^(L) alias FT2_5_011 – Fundort: Meeresküsten-Sediment, Futian Nature Reserve, Shenzhen, China
  • Stamm FT_5_011^(N,G) – Fundort: Meeresküsten-Sediment, Futian Nature Reserve, Shenzhen, China^(N)
  • Stamm MWH_BASALT_bin2412^(N) (Autor: H. Li) – Fundort: China^(N)
  • Stamm SJG_metabat2_bin1771^(N) (Autor: H. Li) – Fundort: China^(N)

• Spezies Hodarchaeum sp011364965^(G) [Promethearchaeota archaeon isolate N1B_bin6.179^N), Ca. Lokiarchaeota archaeon N1B_bin6.179^(G:N)]
  • Stamm N1B_bin6.179^(N,G) – Fundort: Ästuar des Chang Jiang, China^(N)

• Spezies Hodarchaeum sp020353515^(G) [Ca. Heimdallarchaeota archaeon isolate bin6^(N)]
  • Stamm bin6^(N,G) – Fundort: westlich der Insel Diu Tin Luk im SW von Lantau, Hongkong^(N)

• Spezies Hodarchaeum sp020351745^(G) [Ca. Heimdallarchaeota archaeon isolate bin76^(N)]
  • Stamm bin76^(N,G) – Fundort: westlich der Insel Diu Tin Luk im SW von Lantau, Hongkong^(N)

• Spezies Hodarchaeum sp020348965^(G) [Ca. Heimdallarchaeota archaeon isolate bin272^(N)]
  • Stamm bin272^(N,G) – Fundort: westlich der Insel Diu Tin Luk im SW von Lantau, Hongkong^(N)

• Spezies Hodarchaeum sp016840035^(G) [Ca. Hodarchaeota archaeon isolate YT1_021^(N)]
  • Stamm YT1_021^(N,G) – Fundort:marine Küstensedimente im Schwanensee-Naturreservat (Rongcheng Nation Swan Nature Reserve), Provinz Shandong, China^(N)

• Spezies Hodarchaeum sp016839815^(G) [Ca. Hodarchaeota archaeon isolate YT2_004^(N)]
  • Stamm YT2_004^(N,G) – Fundort:marine Küstensedimente im Schwanensee-Naturreservat (Rongcheng Nation Swan Nature Reserve), Provinz Shandong, China^(N)

• Spezies Hodarchaeum sp016839785^(G) [Ca. Hodarchaeota archaeon isolate YT2_065^(N)]
  • Stamm YT2_065^(N,G) – Fundort:marine Küstensedimente im Schwanensee-Naturreservat (Rongcheng Nation Swan Nature Reserve), Provinz Shandong, China^(N)

• Spezies Hodarchaeum sp016839625^(G) [Ca. Hodarchaeota archaeon isolate YT5_056^(N)]
  • Stamm YT5_056^(N,G) – Fundort: marine Küstensedimente im Schwanensee-Naturreservat (Rongcheng Nation Swan Nature Reserve), Provinz Shandong, China^(N)

• Spezies Hodarchaeum sp003144275^(G) [Ca. Heimdallarchaeota archaeon B3_Heim^(N)]
  • Stamm B3_Heim^(N,G) – Fundort: im Meeresgebiet zwischen Hongkong und Kaoshiung (Taiwan)^(N)

• Spezies Hodarchaeum sp011364965^(G) [Ca. Heimdallarchaeota archaeon isolate SZ_4_bin2.246^(N)]
  • Stamm SZ_4_bin2.246^(N,G) – Fundort: Mangroven-Sediment, Bucht von Shenzhen, China^(N)

• Spezies Hodarchaeum sp019057635^(G) [Ca. Heimdallarchaeota archaeon isolate MAG_8^(N)]
  • Stamm MAG_8^(N,G) – Fundort: Sediment einer Methan-Ausströmung, Santa Monica Mounds, Pazifik vor Kalifornien^(N)

• Spezies Hodarchaeum sp030589605^(G) [Ca. Hodarchaeota archaeon isolate CSMAG_10^(N)]
  • Stamm CSMAG_10^(N,G) – Fundort: Metagenom einer kalten Sickerstelle (englisch Cold Seep)^(N)

• Spezies Hodarchaeum sp029856365^(G) [Ca. Hodarchaeota archaeon isolate WORE3^(N)]
  • Stamm WORE3^(N,G) – Fundort: Ästuar des White Oak River (WOR), North Carolina, USA^(N)

• Spezies Ca. Hodarchaeota archaeon isolate YT_005^(N) [früher Hodarchaeum sp016840305^(G*)]
  • Stamm YT_005^(N) – Fundort: marine Küstensedimente im Schwanensee-Naturreservat (Rongcheng Nation Swan Nature Reserve), Provinz Shandong, China^(N)

• Spezies Ca. Hodarchaeota archaeon isolate YT_019^(N) [früher Hodarchaeum sp016840285^(G*)]
  • Stamm YT_019^(N) – Fundort: marine Küstensedimente im Schwanensee-Naturreservat (Rongcheng Nation Swan Nature Reserve), Provinz Shandong, China^(N)

• Spezies Ca. Hodarchaeota archaeon isolate YT5_036^(N) [früher Hodarchaeum sp016839665^(G*)]
  • Stamm YT5_036^(N) – Fundort: marine Küstensedimente im Schwanensee-Naturreservat (Rongcheng Nation Swan Nature Reserve), Provinz Shandong, China^(N)

• L – List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN), Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen (DSMZ)
• N – Taxonomie des National Center for Biotechnology Information (NCBI)
• G – Genome Taxonomy Database (GTDB), dazu:
• G* – früherer Eintrag in der GTDB
• G:N – NCBI-Name laut GTDB offenbar frühere NCBI-Bezeichnung

Die NCBI-Bezeichnungen einiger Stämme spiegeln offenbar noch die frühere Klassifizierung der Gattung bzw. Ordnung zur Klasse „Ca. Heimdallarchaeia“ mit ihren Phylum wider.

Etymologie

Der vorgeschlagene Gattungsname Hod­ar­chae­um setzt sich zusammen aus dem neulateinisch Suffix archaeum ‚Archaeon‘; der Präfix verweist auf Höd(ur) (Höðr), in der nordischen Mythologie Sohn des Gottes Odin.

Das Art-Epitheton man­gro­vi ist neulateinischer Genitiv mit der Bedeutung ‚von einer Mangrove‘ oder ‚zur Mangrove gehörig‘.

Anmerkungen

1. ↑ Die Autoren Zhang et al. vermuteten 2025, dass dieser Unterschied in der Einordnung der Eukaryoten auf die eine bis dato unterschätzte chimäre Natur der Genome in der Ordnung „Ca. Njordarchaeales“ zurückzuführen sei. Sie hatten nämlich festgestellt, dass deren Genome aus Sequenzen sowohl von Asgard-Archaeen (heute Promethearchaeati) als auch von deren Schwestergruppe, den TACK-Archaeen (heute Thermoproteati) zusammensetzen. Eine fehlerhafte Zuordnung von „Ca. Njordarchaeales“ könnte dann weitere Folgefehler, u.  auch bei der Einordnung von „Ca. Hodarchaeales“ nach sich ziehen.

Einzelnachweise

1. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 LPSN: Genus "Candidatus Hodarchaeum" Liu et al. 2021, Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen (DSMZ).
2. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 Yang Liu, Kira S. Makarova, Wen-Cong Huang, Yuri I. Wolf, Anastasia N. Nikolskaya, Xinxu Zhang, Mingwei Cai, Cui-Jing Zhang, Wei Xu, Zhuhua Luo, Lei Cheng, Eugene V. Koonin, Meng Li: Expanded diversity of Asgard archaea and their relationships with eukaryotes. In: Nature, Band 593, 28. April 2021, S. 553–557; doi:10.1038/s41586-021-03494-3, PMC 11165668 (freier Volltext), PMID 33911286 (englisch).
3. 1 2 3 Jiawei Zhang, Xiaoyuan Feng, Meng Li, Yang Liu, Min Liu, Li-Jun Hou, Hong-Po Dong: Deep origin of eukaryotes outside Heimdallarchaeia within Asgardarchaeota. In: Nature, Band: 642, Nr. 8069, 7. Mai 2025, Print-ISSN 0028-0836, S. 990–998; doi:10.1038/s41586-025-08955-7, PMC 12222021 (freier Volltext), PMID 40335687, Online-ISSN 1476-4687, Epub 7. Mai 2025 (englisch). Siehe insbes. Fig. 3 und Ext. Data Fig. 1. Dazu:
   • Eukaryotes’ Deep Origin Outside Heimdallarchaeia. Auf: Bioengineer (bioengineer.org) vom 8. Mai 2025.
4. 1 2 3 Jiarui Sun, Paul N. Evans, Emma J. Gagen, Ben J. Woodcroft, Brian P. Hedlund, Tanja Woyke, Philip Hugenholtz, Christian Rinke: Recoding of stop codons expands the metabolic potential of two novel Asgardarchaeota lineages. In: ISME Communications, Band 1, Nr. 1, Dezember 2021, S. 30; doi:10.1038/s43705-021-00032-0, PMC 9723677 (freier Volltext), PMID 36739331; Epub 28. Juni 2021 Jun 28 (englisch).
5. 1 2 3 4 5 NCBI: "Candidatus Hodarchaeum", Details: "Candidatus Hodarchaeum" Liu et al. 2020 (genus); graphisch: Candidatus Hodarchaeum, auf Lifemap.
6. 1 2 3 4 GTDB: Salinirubellus. Rohdaten: ar53_metadata.tsv.gz (Fallback).
7. 1 2 3 Diu Tin Luk. Auf: alamy (alamy.it, italienisch).
8. ↑ Yingchun Han, Chuwen Zhang, Zhuoming Zhao, Yongyi Peng, Jing Liao, Qiuyun Jiang, Qing Liu, Zongze Shao, Xiyang Dong: A comprehensive genomic catalog from global cold seeps. In: Scientific Data, Band 10, Nr. 1, 8. September 2023, S. 596; doi:10.1038/s41597-023-02521-4, PMC 10491686 (freier Volltext), PMID 37684262 (englisch).
9. ↑ White Oak River. Mapcarta (de).
10. ↑ The White Oak River. Auf: North Carolina's Southern Outer Banks & Crystal Coast (coastalnc.org).