Verein
Lee begann seine fußballerische Vereinskarriere 2021 beim FC Seoul. Seinen ersten Einsatz für die Profimannschaft absolvierte er am 11. Spieltag der Saison 2021. Im weiteren Verlauf der Hauptrunde folgten acht weitere Einsätze, zudem kam er in der anschließenden Abstiegsrunde zu einem weiteren Spiel. FC Seoul belegte am Saisonende den siebten Tabellenplatz.
In der Saison 2022 absolvierte Lee 23 der 33 möglichen Spiele der Hauptrunde und stand dabei 20-mal in der Startelf. Drei Partien in der Mitte der Saison verpasste er aufgrund einer Innenbandverletzung, die letzten sechs Spiele der Hauptrunde fehlte er wegen einer weiteren Verletzung. Auch in der anschließenden Abstiegsrunde kam er verletzungsbedingt nicht mehr zum Einsatz. FC Seoul wurde Neunter der Tabelle und erreichte zudem das Finale des Korean FA Cup gegen Jeonbuk Hyundai Motors, das nach Hin- und Rückspiel mit 3:5 verloren ging. Lee konnte auch dort verletzungsbedingt nicht mitwirken und absolvierte sein letztes Pflichtspiel der Saison bereits Mitte August.
Zu Beginn der Saison 2023 hatte Lee weiterhin mit den Folgen der Verletzung aus der Vorsaison zu kämpfen. Ende April kehrte er in die Mannschaft zurück und absolvierte im weiteren Verlauf der Spielzeit 18 Einsätze, davon 17 in der Startelf.
Im August 2023 wechselte Lee zum dänischen Verein FC Midtjylland. In der Saison 2023/24 kam er in der Hauptrunde zu drei Einsätzen, darunter zwei Kurzeinsätze, während er in der Meisterrunde nicht eingesetzt wurde und dort auch nur einmal im Spieltagskader stand. Dennoch gewann FC Midtjylland am Saisonende die dänische Meisterschaft.
2024/25 absolvierte Lee sechs Spiele in der Hauptrunde und kam damit häufiger zum Einsatz als in der Vorsaison, saß jedoch weiterhin oft nur auf der Bank. In der Meisterrunde blieb er zunächst an den ersten fünf Spieltagen ohne Einsatz, stand anschließend aber in den folgenden fünf Partien jeweils in der Startelf. FC Midtjylland wurde Vizemeister und erreichte in der Europa League die Playoffs zum Achtelfinale, wo die Mannschaft gegen Real Sociedad San Sebastián ausschied. Lee kam im Wettbewerb jedoch nicht zum Einsatz.
In der Saison 2025/26 gelang ihm schließlich der Durchbruch als Stammspieler. In der Hauptrunde absolvierte er 19 der 22 möglichen Spiele und kam dabei durchschnittlich auf mehr als 77 Einsatzminuten pro Partie. In der Meisterrunde wurde er in allen zehn Spielen eingesetzt und absolvierte neun davon über die volle Spielzeit. In der Europa League erreichte FC Midtjylland das Achtelfinale und schied dort gegen Nottingham Forest nach Elfmeterschießen aus. Zudem gewann der Verein den Pokal nach einem 1:0-Finalsieg über den FC Kopenhagen, wobei Lee das entscheidende Tor in der 82. Minute per Kopfball erzielte.
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