1998 wurde die Überquerung des Flusses Tejo von Lissabon kommend über die Ponte 25 de Abril (dt. Brücke des 25. April) bis zum Eisenbahnkreuz Pinhal Novo fertiggestellt, wobei der Einbau einer Eisenbahnfahrbahn in die Ponte 25 de Abril schon von Anfang an vorgesehen war. Vor dieser Zeit mussten Bahnreisende, die in den Süden Portugals wollten, eine zeitraubende Fährüberfahrt über den Tejo vom Bahnhof Terreiro do Paço nach Barreiro in Kauf nehmen. Der Abschnitt von Barreiro nach Pinhal Novo verlor durch die Brückenverbindung über den Tejo erheblich an Bedeutung. Derzeit wird dort nahezu ausschließlich der S-Bahn-Vorortverkehr der CP Urbanos de Lisboa gefahren. Zwischen Lissabon Roma-Areeiro und Setúbal betreibt der einzige private Zugbetreiber Portugals, Fertagus, einen S-Bahnverkehr.
Bis 2004 wurde die Strecke mit 25 kV Wechselspannung bei einer Frequenz von 50 Hz elektrifiziert. Auf der Relation Faro–Tunes–Lissabon werden seitdem im Fernzüge der Zuggattungen Intercidades und Alfa Pendular eingesetzt. Täglich gibt es zwei Direktverbindungen mit Alfa Pendular zwischen Porto und Faro.
Die Strecke Linha do Sul gilt neben der Hauptstrecke Linha do Norte, die Lissabon mit Porto verbindet, als zweitwichtigster Schienenverkehrsweg Portugals. Im Rahmen einer Streckenerneuerung wurde die Linha do Sul (eingleisig) elektrifiziert und im Jahr 2010 wurde der Bypass Alcácer fertig gestellt, der eine Umgehung des Ortes Alcácer do Sal beinhaltet und eine neue Brückenquerung des Flusses Sado. Der Neubau fand im Rahmen der Elektrifizierung der Linha do Sul statt und ergab eine Fahrzeitverkürzung von zehn Minuten. Die Schnellzugstrecke von Lissabon über Pinhal Novo sah außerdem eine neue Umgehung des Ortes Setúbal über Poceirão vor, was die Fahrzeit weiter verkürzte.