Marco Prinz (* 29. Juli 1970 in Cottbus) ist ein deutscher Neuropathologe und Neuroimmunologe.
Prinz studierte ab 1990 Medizin an der Humboldt-Universität Berlin (Charité). Nach der Promotion an der Charité 1996 war er am Max-Delbrück-Zentrum in Berlin (bei Helmut Kettenmann) und ab 1999 am Institut für Neuropathologie der Universität Zürich (bei Adriano Aguzzi). Ab 2002 war er Gruppenleiter am Institut für Neuropathologie in Göttingen. 2004 habilitierte er sich in Göttingen und wurde Oberarzt. Seit 2008 ist er Professor und ärztlicher Direktor des Instituts für Neuropathologie an der Albert-Ludwigs-Universität Freiburg.
Er befasst sich mit dem angeborenen Immunsystem im Zentralnervensystem wie der Rolle von Mikroglia-Zellen und der Rolle von damit verbundenen Stoffen des Immunsystems wie Chemokinrezeptoren, Toll-like Receptors und Zytokinen wie Interferonen. Seine Gruppe untersucht auch die Rolle von Mikroglia bei Multipler Sklerose und neurodegenerativen Erkrankungen wie Alzheimer. Er wies nach, dass sich im Mausmodell kognitive Leistungen bei Alzheimer verbessern wenn zwei Gene in der Mikroglia ausgeschaltet werden.
Seit 2017 ist er Sprecher des mit 10,9 Millionen Euro geförderten SFB NeuroMac zur Erforschung der Rolle von Mikroglia-Zellen.
Marco Prinz erhielt 2014 den Sobek-Forschungspreis, 2015 eine Reinhart-Koselleck-Projektförderung bei der DFG, 2018 den Ernst-Jung-Preis und 2020 wurde ihm ein Gottfried Wilhelm Leibniz-Preis zugesprochen. Im Jahr 2021 wurde er in der Sektion Humangenetik und Molekulare Medizin als Mitglied in die Nationale Akademie der Wissenschaften Leopoldina aufgenommen. Im selben Jahr wurde er außerdem mit dem Novo-Nordisk-Preis ausgezeichnet.