Mettenufer ist ein Gemeindeteil der großen Kreisstadt Deggendorf im gleichnamigen Landkreis in Niederbayern.
Der Weiler Mettenufer liegt in der Gemarkung Natternberg am rechten Ufer der Donau etwa bei Stromkilometer 2289, gegenüber dem linksseitigen Markt Metten.
Nach der Ämtereinteilung von 1721 gehörte Mettenufer geschlossen als enschichtiger Ort zum Kloster Metten. Bei der Gemeindebildung wurde Mettenufer 1821 der Gemeinde Metten zugeteilt, obwohl es zum Steuerdistrikt Natternberg gehörte.
Die topographische Karte von 1947 zeigt die heute bestehenden fünf Hofstellen auf der Landseite des Deichs entlang der Donau, während in der Karte von 1940 diese Bebauung nicht dargestellt ist, aber Gebäude unmittelbar am Donauufer dargestellt sind, die im Deichvorland auf der Wasserseite des Deiches liegen. In der Karte von 1919 besteht noch kein Deich entlang der Donau und es ist eine vergleichbare Bebauung wie in der Karte von 1940 dargestellt, woraus sich die unbelegte Schlussfolgerung aufdrängt, die historischen Hofstellen von Mettenufer sind im Zusammenhang mit der Errichtung der Hochwasserschutzanlagen aufgegeben worden und auf die Landseite des neu errichteten Deiches verlegt worden.
Zum 1. Januar 1964 wurde Mettenufer aus der Gemeinde Metten nach Natternberg umgegliedert. Durch die Eingemeindung von Natternberg kam der Ort 1978 zur Stadt Deggendorf.
Während des Hochwassers 2013 musste Mettenufer am 4. Juni 2013 evakuiert werden.
Bei der Volkszählung 1987 gab es in Mettenufer sieben Wohnungen in sieben Wohngebäuden mit insgesamt 30 Einwohnern. 2026 besteht Mettenufer aus fünf Hofstellen mit sechs Wohngebäuden.
Bei Mettenufer gab es eine wichtige Fährverbindung über die Donau nach Metten, die ihre Bedeutung durch den Bau von Brücken zunehmend verlor und deshalb 1962 eingestellt wurde.
Koordinaten: 48° 50′ N, 12° 54′ O