Niklaus Peter war Herausgeber wissenschaftlicher Editionen zu Friedrich Schleiermacher und Franz Overbeck. Zusammen mit Thomas Sprecher gab er Abhandlungen zum Thema Thomas Mann und die Religion heraus. Seine Publikationen umfassen theologische, geistesgeschichtliche und literarische Themen. Unter anderem veröffentlichte er Predigten. Er war Redaktor der Zeitschrift reformatio, freier Mitarbeiter der NZZ (bis 2017) und von 2015 bis 2023 Kolumnist im Das Magazin des Tages-Anzeigers. Ab 2002 war er Sprecher im Wort zum Sonntag des Schweizer Fernsehens und war Gast in der Sendung Sternstunde Religion. Als Pfarrer am Zürcher Fraumünster machte sich Niklaus Peter einen Namen über die Stadtgrenzen hinaus. Er predigte auch an Orten ausserhalb der Kirche, wie zum Beispiel am Kunstevent Manifesta 11 im Kunsthaus Zürich. Niklaus Peter stellte sich öffentlich auch kritischen Fragen, wie zum Beispiel in den Disputen mit dem AstrophysikerBen Moore. Er präsidierte die Jury des ersten Schweizer Predigtpreises, welcher 2014 erstmals verliehen wurde.
Veröffentlichungen (Auswahl)
Im Schatten der Modernität. Franz Overbecks Weg zur Christlichkeit unserer heutigen Theologie. Metzler Verlag, Stuttgart 1992. ISBN 978-3-47600-877-0. (Überarbeitete Fassung der Dissertation).
Kommentierte Edition: Franz Overbeck, Werke und Nachlass, Band 1, Schriften bis 1873, hrsg. E. Stegemann und N. Peter, Metzler, Stuttgart 1994.
Ein neuer Himmel und eine neue Erde. Texte zu christlichen Festtagen, theologischen Gestalten und Themen, Selbstverlag, Zürich 1997.
(hrsg., eingel. u. komm. von D. M. Hoffmann): Franz Overbeck – Heinrich Köselitz (Peter Gast). Briefwechsel. Supplementa Nietzscheana, Bd. 3, Walter de Gruyter Verlag, Berlin-New York 1998. (Kommentierte Edition). ISBN 3-11-013023-8.
Gesicht und Rätsel eines modernen Apokalyptikers?, in: Peter Villwock (Hg.), Nietzsche-Colloquium Sils Maria 2000, Schwabe Verlag, Basel 2001.
Franz Overbeck, Werke und Nachlass, Band 8, Briefe, hrsg. N. Peter und F. Bestebreurtje, Metzler Verlag, Stuttgart 2008. (Kommentierte Edition).
Die Jakobsgeschichte. Fraumünsterpredigten, Selbstverlag, Zürich 2009 (2. Aufl.).
Den Glauben buchstabieren. Fraumünster-Predigten zum Glaubensbekenntnis, Edition Kämbel, Zürich 2010.
Ironie und Religion, in: Zwischen Himmel und Hölle: Thomas Mann und die Religion – Die Davoser Literaturtage (2010), Thomas Mann-Studien Bd. 44, S. 17–33.
(hrsg. zusammen mit Frank Bestebreurtje und Anna Büsching): Friedrich Schleiermacher. Über Religion. Reden an die Gebildeten unter ihren Verächtern. Synoptische Edition der Ausgaben von 1799/1806/1821, Studienausgabe, Theologischer Verlag Zürich, Zürich 2012.
Predigten zur Jakobsgeschichte, Japanisch, übersetzt von Shuhei Oishi, Ichibaku Shuppansha Publishing Co, Sapporo 2014.
(zusammen mit Klaus Bartels): Nikolaus-Predigten im Fraumünster. Antike und biblische Texte im Dialog. Mit Zeichnungen von Sebastian Büsching, Theologischer Verlag Zürich, Zürich 2017. ISBN 978-3-290-17913-7.
Schachfigur oder – Schachspieler. Denkmodelle und Spielzüge auf den Feldern des Lebens und der Religion. Radius Verlag, Stuttgart 2018. ISBN 978-3-87173-817-3.
(Übers.) Frederick Buechner – Wunschdenken. Ein religiöses ABC. Theologischer Verlag Zürich, Zürich 2018 (3. Aufl.). ISBN 978-3-29017-427-9.
Maulwürfe und Sündenböcke. Aufbrüche aus der Welt des Alltäglichen. Radius Verlag, Stuttgart 2020. ISBN 978-3-87173-527-1.
(ins Japanische übersetzt von Shuhei Oishi): Predigten zum Buch Rut. Ichibaku Shuppansha Publishing Co, Sapporo 2020.
Von Angesicht zu Angesicht. Predigten und kleine theologische Texte. Theologischer Verlag Zürich, Zürich 2021. ISBN 978-3-290-18384-4.
Himmelsleiter und Prophetenmantel. Kleine Denkstücke in Religion und Literatur. Radius Verlag, Stuttgart 2022. ISBN 978-3-87173-577-6.
Ein Hemdlein fürs nackte Evangelium. Gedanken zu biblischen Worten. Radius Verlag, Stuttgart 2024. ISBN 978-3-87173-578-3.
(hrsg. zusammen mit Georg Kohler): Über die Schwierigkeit, das Gute zu tun. 100 Jahre Service, Business, Freundschaft. Rüffer & Rub, Zürich 2024. (100 Jahre Rotary Club Zürich).
(als Hg.) Hans Stickelberger: Störenfried und Friedensstifter. Predigten und Aufsätze. Radius-Verlag, Stuttgart 2025, ISBN 978-3-87173-541-7.
↑«Etwas vom Geist Zwinglis bewährt sich». Nach 17 Jahren als Zürcher Fraumünsterpfarrer geht Niklaus Peter in Pension. In: Neue Zürcher Zeitung vom 22. Juni 2021 Seite 13.
↑Predigtreihe zum Buch Rut. In: Von Angesicht zu Angesicht. Predigten und kleine theologische Texte, Theologischer Verlag Zürich (TVZ), Zürich 2021, S. 59–112.
↑Die gemeinsam mit Klaus Bartels gehaltenen Nikolaus-Predigten im Fraumünster (Nikolausiaden) wurden 2017 als Buch veröffentlicht.
↑Für einen einmaligen Ostertext kehrte er am 4. April 2026 als Magazin-Kolumnist zurück.
↑«Mit dem Alumni-Preis 2023 der Universität Basel wird Dr. Niklaus Peter ausgezeichnet, der unter anderem als Pfarrer am Zürcher Fraumünster, als Sprecher des «Wort zum Sonntag» im Schweizer Fernsehen und als Kolumnist im Magazin des Tages-Anzeigers weithin bekannt geworden ist. Peter erhält den Preis für sein langjähriges Engagement als herausragender Vermittler zwischen theologischer Wissenschaft, reformierter Kirche, Kultur und intellektueller Bildung in der Schweizer Öffentlichkeit.» Dies academicus 2023 der Universität Basel, abgerufen am 11. November 2024.