Protokooperation (von griechisch protos = vorderster, erster und lateinisch cooperatio = Mitwirkung) bezeichnet in der Ökologie die lockerste Form einer Symbiose, also einer Beziehung zwischen Individuen unterschiedlicher Arten. Dabei ziehen beide Arten einen Nutzen aus der Beziehung zum Kooperationspartner. Für beide Arten ist diese „Kooperation“ aber nicht zwingend, das heißt, sie sind auch ohne Protokooperation überlebensfähig.
Der Ausdruck Protokooperation wird außerhalb der Mikrobiologie für das beschriebene Phänomen eher selten und unregelmäßig gebraucht. Ersatzweise wird im selben Sinn oft von "Allianz" gesprochen, meist werden entsprechende Fälle aber einfach als Mutualismus bezeichnet.
Ein auch landwirtschaftlich relevantes Beispiel für eine Protokooperation ist die Beziehung zwischen Hummeln und Rotklee sowie Ackerbohnen: Hummeln tragen wesentlich zur Befruchtung dieser Feldfrüchte bei (steigern also deren Vermehrungschancen), gleichzeitig dient der Pollen ihrer Ernährung. Sowohl die Tiere als auch die Pflanzen können aber auch auf sich allein gestellt überleben, da Hummeln noch andere Futterquellen haben und auch die Pflanzen durch andere Arten bestäubt werden können.
Protokooperationen unter Beteiligung von Vogelarten umfassen z. B.