Sebastian Werro (* 8. Februar 1555; † 27. November 1614) war ein Schweizer katholischer Geistlicher und Führer der Katholischen Reform, der in Freiburg im Üechtland lebte und arbeitete.
Er wirkte zwischen 1593 und 1615 als Propst an der Kathedrale St. Nikolaus, von 1598 bis 1600 als Stellvertreter des abwesenden Bischofs des Bistums Lausanne, Claude de Granier (1538–1602; Bischof 1579–1602), der zur Zeit der Reformation nach Savoyen geflohen war.