Seigendorf wurde urkundlich erstmals 1096 als „Sichendorf“ erwähnt, benannt nach dem Gründer des Dorfes, Sicho. Die Gemeinde bestand aus Ober- und Niederseigendorf, die 1315 erwähnt wurden. Die von Streitberg, ab 1691 die Schenken von Stauffenberg, besaßen den halben Zehnt als kaiserliches Lehen. Lehensleute waren zunächst die Zollner, dann die Nürnberger Bürger Held, genannt Hagelsheimer, dann die Böttinger. Durch den Bauernaufrührer Koller gelangte es im Bauernkrieg zu trauriger Berühmtheit. Der Ort gehört zur UrpfarreiButtenheim. Das war auch der einstige Schulort. Eine eigene Schule für Seigendorf und Friesen entstand 1811. Im Jahr 1879 wurde das alte Schulgebäude durch ein neues (in Oberseigendorf) ersetzt.
Der Ort wurde am 1. Januar 1972 im Zuge der Gebietsreform in Bayern nach Hirschaid eingemeindet.
