Tschagatai Khan war der zweite Sohn Dschingis Khans, des Gründers des Mongolischen Reiches. Nach dem Tod des Vaters wurden auf dem eigens 1229 einberufenen Kuriltai alle eroberten Gebiete in vier Reiche aufgeteilt – für die drei lebenden leiblichen Brüdern Tschagatai, Ögedai und Tolui und den Nachkommen des 1227 verstorbenen vierten leiblichen Bruders Dschötschi. Tschagatai erhielt das Land am Ili und Tschüi, aus dem das Tschagatai-Khanat wurde. Dieser „Tschagatai-Ulus“ wurde im 13. bis zum 16. Jahrhundert von der von ihm begründeten Dynastie beherrscht.
Kara Hülegü (auch Qara Hulagu 1242–1246, 1252), Sohn von Mutukan, dem ältesten Sohn von Tschagatai, Vater von Mubarak Schah. Seine Mutter Ebuskun regierte
Yesun Möngke (auch Yisu Mengü, 1246/7–1251/52), fünfter Sohn Tschagatais
Regentin Orghina (auch Urgana Khatan, 1252–1261), für ihren Sohn Mubarak Schah
Algui (1261–1266), Sohn von Baidar, dem zweiten Sohn Tschagatais
Mubarak Schah (1266), Sohn von Kara Hülegü und Orghina, Cousin von Boraq, konvertiert zum Islam
Boraq (auch Barak, 1266–1271), Urenkel von Tschagatai, Vater von Du’a
Nikkai Oghul (auch Negübei, 1271–1272), Cousin von Boraq
Buga Timur (auch Buqa Temür, 1272–1274), Bruder von Taliqu
Du’a (auch Duwa, 1282–1307), Sohn von Boraq
Köntschek (auch Kuntschik, 1306–1308), Sohn von Du’a
Taliqu (auch Taliku, 1308–1309), Bruder von Buga Timur
Kebek (1309, auch 1318–1326), Bruder von Tarmaschirin und Esen Buqa sowie Sohn von Du’a
Esen Buqa (1310–1318), Sohn von Du’a, Bruder von Kebek
Kebek (1318–1326), s.o.
alternativ: Eljigidey (1326–1329) und Du’a Temür (1929–1330)
Tarmaschirin (1327 oder 1331–1334), Bruder von Kebek und Sohn von Du’a
Buzan (1334), Sohn von Du’a Temür, Neffe von Tarmaschirin
Dschenkschi (1334–1338), älterer Bruder von Yesun Timur
Yesun Timur (1338–1342), jüngerer Bruder von Dschenkschi
(Ali Sultan (1342) aus dem Haus Ögedeis, Sohn von Kadan, der Sohn von Ögedei, also kein Tschagataide!)
Muhammad I ibn Pulad (1342–1343), Urenkel von Boraq
Kazan (1343–1346), mit ihm endet die Herrschaft über das gesamte Khanat
Herrscher des Westlichen Tschagatai-Khanats
Danischmand (auch Danischmjendsch, 1346–1348), zweiter Khan aus dem Haus Ögedei, also kein Tschagataide! Marionette von Kazagan.
Bayan Kuli (1348–1358), Enkel von Du’a, weitere Marionette von Kazagan, beherrschte nur noch den Westteil des Westlichen Khanats.
Die Macht im Westteil hatte ab 1346 Kazagan, der 1357 ermordet wurde, ihm folgte sein Sohn Abdallah, der auch bald umkam. Es folgten weitere Machtkämpfe, bis 1370 Timur Lenk die Herrschaft errang.
Herrscher im Östlichen Tschagatai-Khanat
Tughluk Timur (1347–1363), ab 1360 auch Khan des Gesamtkhanats
Ilias Hoja (1363– zirka 1369), Sohn von Tughluk, bis 1365 auch Khan des Gesamtkhanats