Boissier fue el autor de la Flora Orientalis (cinco volúmenes, 1867-1884) y de Viaje botánico en el sur de España durante el año 1837 (1839-1845). Se le adjudica la descripción de 6000 nuevas especies. Su herbario y su obra fueron continuados por su yerno William Barbey (1842-1914).
Obras
Elenchus plantarum novarum... in itinere hispanico legit, 1838
La abreviatura «Boiss.» se emplea para indicar a Pierre Edmond Boissier como autoridad en la descripción y clasificación científica de los vegetales.También aparece en equipo como: