El Cuartel General de la Flota (CGF) se constituye por los órganos que agrupan los recursos humanos y materiales necesarios para asistir al Almirante de la Flota en el ejercicio del mando. El CGF está formado por: el Estado Mayor de la Flota, los órganos de asistencia directa y la Ayudantía Mayor.
El Estado Mayor de la Flota es el órgano auxiliar del ALFLOT, y se divide en cuatro secciones:
La Sección de Recursos, que es responsable del alistamiento de las unidades de la Fuerza en todos los aspectos relacionados con la Logística Operativa y la coordinación y control en materia económica, excepto en lo referente a los sistemas de información y telecomunicaciones.
La Sección de Operaciones, que es responsable en materia de adiestramiento, evaluación y certificación de unidades, generación de fuerzas y agrupaciones operativas, seguimiento de la actividad de las unidades y mandos de la Flota asignados a otros mandos durante la realización de operaciones y ejercicios, y de la gestión de las actividades y del ciclo de inteligencia en el ámbito de la Flota.
La Sección de Planes, que es responsable en materia de organización, funcionamiento y procesos de trabajo en el ámbito de la Flota, relaciones de la Flota con las marinas aliadas, proceso de generación de fuerzas y seguimiento de la aportación naval en el marco de las organizaciones nacionales o multinacionales, aspectos no tácticos del planeamiento de las actividades de estas fuerzas y contribución a la definición de medios.
La Sección CIS, que es responsable de la coordinación e implantación en la Flota de la doctrina y procedimientos de operación de los sistemas de información y telecomunicaciones, del planeamiento y determinación de las necesidades de los sistemas de información, comunicaciones y material criptográfico, tanto nacionales como OTAN, de la asignación de prioridades en el empleo de los medios disponibles y de la difusión y control del cumplimiento de la normativa INFOSEC.
Órganos de asistencia directa
Los órganos de asistencia directa son:
Ayudante.
Secretaría personal.
Sección de Seguridad Naval de la Bahía de Cádiz.
Asesoría Jurídica de la Bahía de Cádiz.
Oficina de Relaciones con los Medios de Comunicación Social.
Ayudantía Mayor
La Ayudantía Mayor del Cuartel General de la Flota es responsable de prestar los servicios generales a las unidades encuadradas en dicho cuartel general y a las unidades de la Flota ubicadas en la Base Naval de Rota que expresamente se le asignen.
Mando
Hasta 1987 el mando de la Flota lo ostentaba un vicealmirante y se denominaba comandante general de la Flota; al establecerse que este puesto lo desempeñara un almirante, pasó a denominarse almirante de la Flota.