Trayectoria
Inicios en Brasil
Emerson se incorporó a los juveniles del Ponte Preta en 2015. Debutó con el primer equipo el 22 de febrero de 2017 en un partido del Campeonato Paulista y jugó su primer partido en la Série A el 5 de noviembre de 2017.
El 27 de abril de 2018 fichó por el Atlético Mineiro con el que firmó un contrato por cinco temporadas. Jugó 23 partidos de liga con este club.
España
El 31 de enero de 2019, el Atlético Mineiro anunció el traspaso de Emerson al Real Betis Balompié, en una operación conjunta con el Fútbol Club Barcelona. Según el contrato firmado, el jugador en un principio jugaría en el equipo andaluz (dueño en un principio del 50 % de su pase) hasta 2021. En esa fecha, el Barcelona podría adquirir el 75 % de los derechos de Emerson abonando seis millones y una cantidad adicional por la plusvalía (en total 9 millones). El Betis conservaría el 25 % del pase del brasileño.
Disputó 79 partidos con el Betis en los dos años con el club andaluz y fue el futbolista de la plantilla que más minutos jugó en la segunda temporada, entrenado por Manuel Pellegrini.
En junio de 2021 el F. C. Barcelona ejerció la opción de compra y se incorporó para reforzar la zona del lateral derecho para la temporada 2021-22. El 8 de agosto debutó en la victoria por 3-0 sobre la Juventus de Turín en el Trofeo Joan Gamper. Una semana después llegó su estreno en partido oficial jugando los últimos minutos de la primera jornada de Liga ante la Real Sociedad.
Inglaterra e Italia
Su estancia en Barcelona fue breve ya que el 31 de agosto de 2021 fue traspasado al Tottenham Hotspur F. C. a cambio de 25 millones de euros. Hizo su debut con los spurs fuera del Crystal Palace F. C. en la Premier League, Tottenham perdió 3-0 el 11 de septiembre. El 3 de abril de 2022, marcó su primer gol con el Tottenham en la victoria por 5-1 en casa contra el Newcastle United.
El 12 de agosto de 2024, tras tres años en Inglaterra en los que jugó 101 encuentros y marcó cuatro goles, fue fichado por el A. C. Milan por una cantidad no revelada. Hizo su debut el 24 de agosto, durante la segunda mitad de un partido de la Serie A ante el Parma Calcio 1913 en sustitución de Davide Calabria. Terminó su primera temporada en Italia jugando 26 partidos, 22 de ellos como titular.
Regreso a Brasil
El 26 de julio de 2025 se confirmó su vuelta a Brasil tras ser traspasado a C. R. Flamengo por una cantidad no revelada y firmar un contrato hasta diciembre de 2028. Debutó cinco días después en la derrota por 1-0 ante el Atlético Mineiro correspondiente a la ida de los octavos de final de la Copa de Brasil. El 14 de septiembre celebró su primer gol con el Flamengo. Anotó el segundo en la victoria por 2-0 sobre el E. C. Juventude, en el Alfredo Jaconi, en la 23.ª jornada del Campeonato Brasileño. En su primer semestre con la camiseta rojinegra, disputó 19 partidos en los que anotó un gol y dio una asistencia.
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