Carrera política
Menkos es miembro fundador y militante del partido político Movimiento Semilla.
El 5 de marzo de 2019, la Junta Directiva del Instituto informó que Menkos solicitó una licencia para ausentarse de sus responsabilidades en el ICEFI desde el 1 de marzo hasta el 15 de agosto de 2019. Poco después, el partido político Movimiento Semilla anunció que Menkos había sido seleccionado como compañero de fórmula junto a la precandidata presidencial Thelma Aldana en las elecciones generales de 2019. Finalmente, el binomio presidencial de Semilla no pudo participar por problemas legales que impidieron la inscripción de Thelma Aldana.
Para las elecciones generales de 2023, el Movimiento Semilla proclamó a Menkos como candidato a diputado al Congreso de la República por Listado Nacional. Se le asignó la primera casilla del Listado y ganó su escaño. Luego de la victoria electoral de Semilla en las elecciones presidenciales, el presidente electo Bernardo Arévalo lo nominó como su ministro de Finanzas Públicas. Asumió su escaño como diputado el 14 de enero, y tenía la intención de pedir licencia al pleno del Congreso de la República para ausentarse de sus funciones como diputado para ser ministro de Finanzas, pero por el retraso significativo de los eventos previos a la investidura, esto no fue posible y no pudo ser juramentado el 15 de enero. Pidió licencia el 19 de enero y fue sustituido por Olga Isabel Villalta Pereira. Fue juramentado ese mismo día por el presidente Arévalo.
El 29 de septiembre de 2026, el presidente Bernardo Arévalo lo nominaría para dirigir como Presidente del Banco de Guatemala y de la Junta Monetaria para el periodo 2026-2030. Al día siguiente, el 30 de septiembre, el El Comité Coordinador de Asociaciones Agrícolas, Comerciales, Industriales y Financieras (CACIF) (Comité señalado de proteger y manipular sus intereses mediante políticos) y el diputado del Partido VAMOS Allan Rodríguez interpusieron un recurso de amparo contra el nombramiento de Menkos como presidente del Banco de Guatemala (BANGUAT) y de la Junta Monetaria. El CACIF sostiene que Menkos debía renunciar antes a su curul como diputado al Congreso de la República, requisito que, a su criterio, incumplió. Arévalo ese mismo día y durante la conferencia de prensa La Ronda, el mandatario aseguró que el permiso concedido a Menkos para ausentarse de sus labores legislativas fue otorgado por tiempo indefinido y no estaba condicionado a que ejerciera como ministro de Finanzas Públicas. La discusión surgió luego de que diputados señalaran que el nombramiento podría ser objeto de impugnación bajo el argumento de que Menkos habría solicitado permiso para dejar temporalmente el Congreso con el propósito de incorporarse al Ministerio de Finanzas. Pero el 2 de octubre, la Corte de Constitucionalidad (CC) dio un plazo de 48 horas al presidente Bernardo Arévalo para que informe sobre la designación de Jonathan Menkos como presidente del Banco de Guatemala y de la Junta Monetaria. La disposición surgió del amparo interpuesto que el Comité Coordinador de Asociaciones Agrícolas, Comerciales, Industriales y Financieras (CACIF) contra el nombramiento, al cuestionar posibles incompatibilidades relacionadas con la condición de Menkos como diputado electo. Con el requerimiento de la CC, el Ejecutivo deberá presentar la información solicitada dentro del plazo establecido, mientras continúa el análisis jurídico sobre el nombramiento de Menkos. El 5 de octubre el presidente Bernardo Arévalo brindo el informe y según se lee en el informe, dicho tema «fue discutido por la Asamblea Nacional Constituyente, la cual no obtuvo mayoría para ser suprimida, estando vigente el contenido del artículo 160 de la Constitución Política de la República de Guatemala». En ese sentido, recuerda el Acuerdo Número 8-2024 del 19 de enero del 2024, con el cual se le concedió a Menkos permiso para ausentarse de sus funciones legislativas y asumir una posición en el Ejecutivo, como ministro o funcionario de Estado o de cualquier otra entidad descentralizada o autónoma. La anuencia a renunciar sería para que Menkos no pierda la oportunidad de continuar una carrera parlamentaria en caso fuera destituído de cargo que ocupa. El 6 de octubre, El Comité Coordinador de Asociaciones Agrícolas, Comerciales, Industriales y Financieras (CACIF) presionó y exhorta a los magistrados de la Corte de Constitucionalidad (CC) a conocer oportunamente el recurso legal relacionado con el nombramiento de Jonathan Menkos como presidente del Banco de Guatemala. En particular, el CACIF envío una carta a la magistrada presidenta Annabella Morfin para que el expediente sea conocido dentro de los plazos correspondientes.
Durante la noche del 7 de octubre, la Corte de Constitucionalidad agendó conocer los amparos en contra del juramentacion de Jonathan Menkos para el 8 de octubre.
En un extraño comunicado a las 11:52 a. m., La Embajada de Estados Unidos en Guatemala afirmó el 8 de octubre del presente año por medio de su cuenta de X (Twitter): «El Banco de Guatemala es una institución vital para la estabilidad económica del país. Estados Unidos también respeta la autoridad de la Corte de Constitucionalidad para tomar decisiones de manera independiente, libre de presiones externas o represalias, y su papel fundamental en la defensa del Estado de derecho. Jamás nos quedaremos callados ante los intentos de politizar el Banco de Guatemala, socavar su independencia o poner en riesgo la estabilidad económica del país.» A las 12:18 p. m., minutos después del comunicado de la Embajada de Estados Unidos en Guatemala, la La Corte de Constitucionalidad (CC) anuló el nombramiento de Jonathan Menkos, exministro de Finanzas y diputado oficialista, como presidente del Banco de Guatemala (BANGUAT) y Junta Monetaria ordenando al presidente Arévalo hacer una nueva designación para la presidencia del Banco. Ante una ausencia, la presidencia del banco central recae de manera temporal en el vicepresidente del Banguat, cargo que ocupa José Alfredo Blanco Valdés. La CC afirmó: «Se conmina al presidente de la República, como autoridad cuestionada en el presente amparo, para que, en observancia de su mandato constitucional, previo a efectuar cualquier nombramiento, verifique que la persona a designar no solo cumpla con los requisitos de validez y calidades necesarias, así como que no se encuentre comprendido en ninguna de las prohibiciones o incompatibilidades».
Menkos regresó al congreso de la república el martes 13 de octubre para la sesión 51ª Sesión Ordinaria Adicional del Segundo Período Ordinario. Donde con 107 votos a favor y 7 en contra se le otorgó un permiso definitivo para ser ministro de finanzas nuevamente.
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