Orígenes de Puerto Elsa
El 18 de octubre de 1891, el partido liberal realizó un intento fallido de golpe de Estado contra el partido colorado, por lo que desde el día siguiente muchos liberales y sus familias tuvieron que exiliarse en Argentina, asentándose la mayoría en lo que luego sería la ciudad de Clorinda (que empezó a ser poblada desde 1892 hasta su fundación oficial en 1899), aunque algunos otros exiliados se asentaron en el lado paraguayo (actual Nanawa), siendo este el inicio del poblamiento de dicha zona como lugar de destierro. En épocas de grandes inundaciones como la ocurrida en 1905 los pobladores del lado paraguayo lo perdieron todo y tuvieron que mudarse temporalmente en zonas más altas del lado de Clorinda, hasta regresar de nuevo al lado paraguayo cuando las aguas bajaron.
Revolución Liberal de 1904
En 1904 hubo una revolución donde el Partido Liberal finalmente se hizo con el poder, por lo que esta vez muchos colorados y sus familias se exiliaron en Clorinda (lado argentino) y en Nanawa (lado paraguayo). A su vez, en el periodo desde 1905 hasta 1920 un político liberal llamado Francisco Campos aprovechó su influencia política para adueñarse de las tierras de Nanawa y del Bajo Chaco, heredándolas a su hija Elsa Campos de Velázquez en 1930, quien se asentó en una casa con un pequeño puerto sobre el río Negro, ya que la principal forma de entrar y salir de la localidad era por agua, pasando obligatoriamente por su puerto, desde entonces la zona empezó a ser conocida como Puerto Elsa.
Luego de que Elsa se instalara en el lugar, ella y su familia intentaron perseguir y desalojar a los antiguos pobladores para que no sigan ocupando su supuesta propiedad, pero los antiguos pobladores se resistieron a abandonar el sitio y se produjeron algunos enfrentamientos violentos con la policía, la cual estaba fuertemente influenciada por los terratenientes.
Luego de la Guerra del Chaco, en febrero de 1936 sucedió la revolución febrerista que puso fin al gobierno liberal, asumiendo como presidente Rafael Franco, quien entre junio de 1936 a febrero de 1937 intervino la situación y apoyó a los pobladores antiguos, a quienes otorgó y repartió oficialmente dichas tierras, así como también a otras personas más, especialmente excombatientes de la Guerra del Chaco que no tenían donde vivir, estableciéndose así de manera oficial la Colonia de Puerto Elsa. Se toma el 15 de agosto de 1936 como fecha de fundación, debido a que al día siguiente se funda el Club Deportivo San Roque, el más antiguo del municipio.
Salida del aislamiento
Puente peatonal con Clorinda
La idea de construir un puente internacional fue propuesta e impulsada en 1963 por el sacerdote alemán Othmar Grüber (1929-2017) quien fue cura párroco de Puerto Elsa entre 1963 a 1973.
El 21 de octubre de 1964 se firmó un acuerdo en Buenos Aires entre los representantes de Paraguay y Argentina para proyectar la construcción del puente. Dicho acuerdo fue ratificado por el gobierno paraguayo el 29 de mayo de 1967 con la ley Nº1209 y luego por el gobierno argentino el 18 de julio de 1967.Poco después, a fines del año 1967, fue inaugurada la Pasarela de la Fraternidad, un puente peatonal de metal y madera sobre el río Pilcomayo que conecta Nanawa con Clorinda (Argentina), intensificándose el comercio entre ambas ciudades desde entonces. El 24 de septiembre de 2003, se inició la construcción de un nuevo puente peatonal de hormigón al lado mismo del anterior que ya se encontraba muy deteriorado, la nueva estructura fue inaugurada el 24 de marzo de 2004, pero recién se comenzó a utilizar desde finales del 2006, por falta de garantías de seguridad en la estabilidad de la estructura nueva.
El 19 de agosto de 1978 fue inaugurado el puente Remanso, aunque recién en marzo de 1980 se inauguró el asfaltado de la ruta que va desde José Falcón hasta el Puente Remanso, estas obras beneficiaron también indirectamente a la localidad de Nanawa.
Puente con Chaco'i
En 1998, se inauguró el Puente 30 de Julio que cruza sobre el río Negro y une Nanawa con Nueva Asunción (Chaco'i), esto permitió salir del aislamiento y conectar la ciudad de forma terrestre con el resto del país, ya que hasta entonces la única forma de llegar era por agua mediante balsas. Desde entonces entró en funcionamiento la Línea 101, la única empresa de buses que conecta al municipio de Nanawa con la capital Asunción.
Municipio independiente
La zona sufrió de grandes inundaciones en épocas de crecidas, especialmente en los años 1905, 1926-1927, 1966, 1982-1983, 1992, 1997-1998, 2014 y 2019.
La colonia de Puerto Elsa fue declarada como distrito el 30 de noviembre de 1987 y su nombre oficial fue cambiado al de Nanawa.
El tramo de ruta que va desde Nanawa hasta empalmar con la ruta PY12 (centro de Chaco'i) era un camino originalmente de tierra que data de la década de 1950, luego en la década de 1980 fue mejorado con terraplén y a comienzos de la década del 2000 fue empedrado teniendo algunos sectores asfaltados, pero con el paso de los años dicho tramo se encontraba en pésimas condiciones, por lo que en junio de 2014 fue asfaltado completamente de nuevo, mejorando así el transporte terrestre de la zona.
El 27 de abril de 2021 Nanawa amplió su territorio en 1.558 hectáreas mediante la Ley Nº 6728 por la cual se anexó a las zonas conocidas como Beterete Cué y Colonia Dr. José Gaspar Rodríguez de Francia, que antes formaban parte del municipio de Villa Hayes. Beterete Cué es llamada así en honor a Emilio Beterete, un paraguayo que fue el primero en asentarse en dicha zona, su nombre también figura entre los primeros pobladores y fundadores de Clorinda en 1898, junto con sus hermanos Juan Beterete y Víctor Beterete.
Entre marzo de 2020 a diciembre de 2021 los pasos fronterizos se cerraron por la pandemia de covid-19, lo cual afectó en gran manera a la economía de la ciudad que depende del comercio con la Argentina.
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