Anne Paju (sündinud 2. märtsil 1950 Tartus) on eesti keemik.
Anne Paju on teenistujate tütar.
Ta lõpetas 1968. aastal Põltsamaa Keskkooli ja 1973. aastal Tartu Riikliku Ülikooli keemikuna. 1992. aastal lõpetas ta Tartu Ülikooli Keemia Instituudis kaugõppeaspirantuuri, kaitses väitekirja "Prostaglandiinide E ja F analoogide süntees kupraatmeetodil" ja sai keemiamagistri kraadi.
2001. aastal lõpetas ta Tallinna Tehnikaülikoolis doktorantuuri, kaitses väitekirja "Asymmetric oxidation of prochiral and racemic ketones by using Sharpless catalyst" ja sai doktorikraadi.
Ta oli aastatel 1973–1980 Eesti NSV Teaduste Akadeemia Termofüüsika ja Elektrofüüsika Instituudi insener, 1980–1984 Eesti NSV TA Orgaanilise Sünteesi ja Biopreparaatide Katsetehase katsetootja, 1984–1986 Keemia Instituudi nooremteadur, 1986–1993 teadur, 1993–2002 vanemteadur, 2002–... Tallinna Tehnikaülikooli keemiainstituudi vanemteadur.
Uurimisvaldkond: looduslike ühendite süntees. Loonud 1,2-diketoonide asümmeetrilise oksüdatsiooni meetodi, uurinud selle rakendusi bioaktiivsete ainete sünteesil.
Üle 40 teaduspublikatsiooni.