EELK Haapsalu Püha Johannese kogudus on luterlik kogudus Haapsalus.

Kogudus kuulub EELK Lääne praostkonda.
Koguduse pikaaegne õpetaja (1975–2023) oli piiskop Tiit Salumäe. Alates 1. jaanuarist 2024 on koguduse õpetaja Mart Salumäe; koguduses teenivad ka diakon Tiina Kütt ja jutlustaja Kalle Jätsa. Organist on Lia Salumäe ning juhatuse esimees Madis Kütt.
Jumalateenistused on pühapäeviti algusega kell 11.00 Haapsalu toomkirikus ja hommikupalvused reedeti kell 9.00 Haapsalu Jaani kirikus. Kogudus kasutab ka Haapsalu Jaani kirikut, mille juures on kaks koguduse hoonet, sealhulgas koguduse kantselei.

Koguduseõpetaja pastoraadihoonena kasutati ka 17. sajandi lõpul ehitatud ja 1772. aastal ümberehitatud hoonet Jaani tänav 2. Hiljem, 1840. aastast tegutses hoones apteekri ja mudaravila omaniku ning Haapsalu bürgermeistri Carl Leopold Bergfeldti apteek.