Herbert Pajupuu (19. aprill 1928 Kose vald Harjumaa – 2. september 2011) oli Eesti põllumajandusteadlane ja -juht.
Lõpetas 1949 Olustvere Põllumajandustehnikumi, 1954 Eesti Põllumajandusakadeemia agronoomiateaduskonna, majanduskandidaat (1968), väitekiri "Turvasväetiste tootmise ja kasutamise majanduslikust efektiivsusest" (Tallinn, 1968). Oli 1960–1974 EMMI ökonomistika sektori noorem- ja vanemteadur, 1974–1977 Eduard Vilde nimelise kolhoosi aseesimees, 1977–1980 Kahala sovhoosi asedirektor, 1980–1990 MI vanemteadur.
Uurimusi väetistest, nende tootmisest ja kasutamisest; töö tulemuste hindamisest põllumajanduses.