Projektis uuriti ja tehti kindlaks geneetilisi markereid, mis mõjutavad ravimi toime ja metabolismi erinevusi indiviididel. Uurimistes kasutati nüüdisaegset sekveneerimist, mikrokiibi tehnoloogiat ja unikaalset maksaproovide kollektsiooni. Koostöös Rootsi teadlastega töötati selles projektis välja uus protokoll bisulfit-töödeldud DNA rikastamiseks, mis aitab tulevikus teadlastel hõlpsamini uurida DNA metülatsiooni mustreid genoomses DNA-s. Samuti tegeleti geeni CYP3A4 avaldumise regulatsiooni uurimisega. See geen on oluline ravimite metaboliseerija geen.
Seotud publikatsioonid
Ivanov, M., Kals, M., Kacevska, M., Metspalu, A., Ingelman-Sundberg, M., Milani, L. (2013). In-solution hybrid capture of bisulfite-converted DNA for targeted bisulfite sequencing of 174 ADME genes. Nucleic Acids Research. 41:e72
Ivanov, M., Kals, M., Lauschke, V., Barragan, I., Ewels, P., Käller, M., Axelsson, T., Lehtiö, J., Milani, L., Ingelman-Sundberg, M. (2016). Single base resolution analysis of 5-hydroxymethylcytosine in 188 human genes: implication for hepatic gene expression. Nucleic Acids Research. 44:6756-6769
Ivanov, M., Kals, M., Kacevska, M., Barragan, I., Kasuga, K., Rane, A., Metspalu, A., Milani, L., Ingelman-Sundberg, M. (2013). Ontogeny, distribution and potential roles of 5-hydroxymethylcytosine in human liver function. Genome Biology. 14:R83
- "Tsütokroom P450 süsteemi geneetiline ja epigeneetiline analüüs teise generatsiooni sekveneerimistehnoloogiaga" (01.03.2011–28.02.2014)
Projekti eesmärk oli uurida geneetilisi ja epigeneetilisi variatsioone, mis võivad mõjutada ravimi metabolismi. Analüüsis kasutati europiidse rassi esindajate maksaproovide kollektsiooni, mille puhul oli teada ravimi metabolism, ensüümide aktiivsuse ja ekspressiooni tase. Toetudes nende variatsioonide põhjalikule fenotüübiinfole, uuriti edasi Eesti geenivaramu proove, et mõõta leitud variatsioonide esinemissagedust ja mõju suuremas populatsioonis.
- "Geneetiline varieeruvus, elustiil ja keskkonnategurid kui peamised tervise mõjurid – EGV" (01.01.2008−31.12.2013)
Töös kasutati Eesti geenivaramu 1500–2000 geenidoonori andmeid. Uuriti, kuidas indiviidi geneetiline varieeruvus on seotud elustiili ning keskkonnamõjuritega. Geneetilise varieeruvuse määramiseks analüüsiti ühenukleotiidsete polümorfismide sagedust, geenide koopiaarvu variatsioone, mRNA ekspressiooni ning metülatsioonimustrite muutumist, kasutades selleks ülegenoomseid kiibi meetodeid. Eesmärk oli koostada geenidoonorite andmete põhjal populatsioonipõhine kontrollkohort. Peamised uuritavad fenotüübid olid antidepressantide farmakogenoomika, vaimne alaareng, nikotiinisõltuvuse seos genotüübiga, paanikahäire, kopsuvähk.
- "Oomiksi põhised meetodid terviseuuringutes: integreeritud lähenemine haiguste tekkeprotsesside mõistmiseks ja prognoosimiseks" (01.01.2014–31.12.2019)
Projekt koosnes viiest uurimisteemast, mis oli jaotatud 23 teaduri ja 5 WP vahel. Kasutades varasemaid teadmisi oomiksiga (transkriptoomika, epigenoomika, metaboloomika, keskkonna ja elustiili faktorid) kogutud infost, püüti läheneda terviseprobleemidele uue nurga alt. Uurimisteemade hulka kuulusid näiteks haruldaste geneetiliste variantide mõju Eesti populatsioonis ning epigeneetiline varieeruvus ja selle kasutamine haiguste varajaseks mitteinvasiivseks kindlakstegemiseks. Saadud teadmisi rakendatakse personaalmeditsiini arendamises.
- "Genoomika ja siirdemeditsiini tippkeskus" (01.01.2016−01.03.2023)
Eesmärk oli luua tippkeskus, kus suudetakse tõlgendada haiguste molekulaarseid mehhanisme, kasutades hiliseimaid teadusavastusi. Mõistes haiguste molekulaar- ja rakubioloogilisi protsesse, on selle projekti tulemusena võimalik leida uusi biomarkereid, mida saab kasutada personaalmeditsiinis.
