Margus Viigimaa (sündinud 24. aprillil 1958 Tartus) on eesti arstiteadlane, kardioloog.
Ta lõpetas Tartu 6. Keskkooli 1976 ja Tartu Riikliku Ülikooli, kus õppis arstiteaduskonnas, 1982. Õppis Tartu Ülikoolis aspirantuuris 1985–1989 ning kaitses meditsiiniteaduste kandidaadi väitekirja Kaunase Meditsiiniakadeemias 1989. Oli järeldoktorantuuris Kyōto Ülikoolis 1990–1991. Sai meditsiinidoktori kraadi Tartu Ülikoolis 1994.
Tartu Ülikoolis: kliinilise füsioloogia labori nooremteadur 1982–1989, vanemteadur 1989–1991, labori juhataja 1991–1994; kardioloogia kliiniku vanemteadur 1994–1996; arstiteaduskonna dotsent 1996–2004; peremeditsiini ja rahvatervishoiu instituudi külalisteadur 2024–2025.
Põhja-Eesti Regionaalhaigla kardioloogiakeskuse juhataja 2004–2011, teadusjuht 2011. aastast.
Tallinna Tehnikaülikooli professor alates 2005 (TTÜ Tehnomeedikumis 2005–2016, tervisetehnoloogiate instituudis aastat 2017).
Uurimisvaldkonnad: arteriaalne hüpertensioon, preventiivkardioloogia, hüperlipideemiad.