Paul Naaber (sündinud 7. detsembril 1966 Tartus) on eesti arstiteadlane ja mikrobioloog.
Paul Naaber on bioloogi poeg.
1985. aastal lõpetas Naaber Tallinna 2. Keskkooli, 1991 Tartu Ülikooli arstiteaduskonna ning oli seejärel Tartu Ülikooli doktorant. 1997. aastal kaitses ta sealsamas meditsiinidoktori väitekirja "Clostridium difficile infection and intestinal microbial ecology" ja sai doktorikraadi.
Naaber oli aastatel 1991–1992 Tartu Ülikooli nakkushaiguste kateedri stažöör-uurija, 1992–1997 Maarjamõisa haigla mikrobioloogia labori ja TÜK ühendlabori mikrobioloogia osakonna arst, 1995–1998 Berner Eesti AS-i müügijuht, 1996 TÜ mikrobioloogia instituudi erakorraline assistent, 1996–1997 vanemlaborant, 1997–1998 assistent, 1998–2000 erakorraline vanemteadur, aastast 1998 TÜK kliinilise mikrobioloogia osakonna juhataja, 2001–2002 ja 2003–2004 TÜK ühendlabori direktori kohusetäitja, aastast 2000 ka TÜ mikrobioloogia instituudi vanemteadur, 2005 ka sotsiaalministeeriumi nakkushaiguste peaspetsialist ja aastast 2006 Norras Stavangeri Ülikooli haigla arst.
Aastast 2013 on ta Synlab Eesti OÜ kliiniline juht.
Paul Naaberi peamised uurimisvaldkonnad on inimese mikrobioökoloogia, infektsioonide mudelid ning infektsioonide epidemioloogia. Rahvusvahelise keskkonnaprojekti PHARE mikrobioloogia peaekspert, Eesti esindaja Euroopa ravimiresistentsuse jälgimise süsteemis ja Euroopa antimikroobse ravimitundlikkuse komitees.
Ta on Eesti Laborimeditsiini Ühingu juhatuse liige (2000–2006), Eesti Infektsionistide Seltsi, Seksuaalsel Teel Levivate Infektsioonide Eesti Ühingu, American Society for Microbiology ja European Society for Clinical Microbiology and Infectious Diseases liige. Tal on ilmunud 170 teaduspublikatsiooni ja ta on ühe patendi kaasautor.