Ernst Otto Wasenius (3. syyskuuta 1864 Helsingin pitäjä – 26. huhtikuuta 1949 Helsinki) oli suomalainen hammaslääkäri ja linnunmunien keräilijä.
Ernst Waseniuksen vanhemmat olivat tilanomistaja Georg Otto Wasenius ja Tekla Constantia Jurvelius. Hän pääsi ylioppilaaksi 1884 Helsingin ruotsalaisesta normaalilyseosta ja suoritti hammaslääkärin tutkinnon Berliinissä 1889. Wasenius toimi sitten hammaslääkärinä Helsingissä 50 vuoden ajan. Wasenius oli mukana perustamassa Suomen Hammaslääkäriseuraa ja toimi seurassa rahastonhoitajana, varapuheenjohtajana ja 1912–1913 puheenjohtajana sekä piti esitelmiä seuran kokouksissa. Hän oli myös seuran kunniajäsen.
Wasenius rakennutti Helsingin Vartiosaareen nimeään kantavan jugend-huvilan, Villa Waseniuksen. Sen on mahdollisesti suunnitellut Theodor Höijer. Nykyään huvilan nimi on Villa Rosenius.
Wasenius asui Helsingin seudulla ja keräsi laajan munakokoelman, joka on sijoitettu Luonnontieteellisen keskusmuseon eläinmuseoon. Kokoelmassa on 270 lintulajin 5 417 pesyettä.
Waseniuksen veli oli Helsingin palopäällikkö ja urheilumies Gösta Wasenius. Hänen puolisonsa oli Aina Michelsson, perheen pojista Adolf Waseniuksesta (s. 1894) tuli lääkäri ja Nisse Waseniuksesta (s. 1907) hammaslääkäri, kuten isästään. Nisse Wasenius oli 1930-luvulla Suomen parhaita kivääriampujia saavuttaen useita MM-kisojen joukkuemitaleita.
