Francisco Javier Arce (s. 2. huhtikuuta 1971) on paraguaylainen, valmentajana peliuransa jälkeen toiminut jalkapalloilija, joka oli pelipaikaltaan oikea laitapuolustaja. Hän pelasi Paraguayn maajoukkueessa 61 maaottelua ja teki niissä viisi maalia vuosina 1995–2004. Arce pelasi MM-kilpailuissa Ranskassa 1998 ja Japanin ja Etelä-Korean kisoissa 2002 sekä vuosien 1995, 1997 ja 1999 Copa Américassa.
Kotimaassaan Arce edusti Cerro Porteñoa vuosina 1989–1994 ja Libertadia 2004–2005. Hän pelasi Brasiliassa Grêmion joukkueessa vuosina 1994–1998 ja Palmeirasin joukkueessa 1998–2002 sekä Japanissa Gamba Osakan joukkueessa 2003.
Arce on valmentanut useita paraguaylaisia seuroja sekä vuosina 2011–2012 ja 2016–2017 Paraguayn maajoukkuetta.