Heikki Paunonen (s. 10. maaliskuuta 1946 Helsinki) on Tampereen yliopiston suomen kielen emeritusprofessori. Hänen väitöskirjansa Monikon genetiivin muodostus suomen kielessä, osa 1 hyväksyttiin vuonna 1974, minkä jälkeen hänet valittiin suomen kielen professoriksi Tampereen yliopistoon vuonna 1976. Hän jäi virastaan eläkkeelle vuonna 1998.
Paunonen on tutkinut helsinkiläisten ja yleensä suomalaisten puhekieltä ja puhekielen muuttumista. 1970-luvun puolivälistä alkaen hän on kerännyt Helsingissä puhuttavan stadin slangin sanastoa, mistä hän vuonna 2000 julkaisi puolisonsa Marjatta Paunosen kanssa 33 000 hakusanaa käsittävän sanakirjan Tsennaaks Stadii, bonjaaks slangii – Stadin slangin suursanakirja. Samana vuonna Paunonen luovutti keräämänsä aineiston Kotimaisten kielten tutkimuskeskukselle, ja seuraavana vuonna teos voitti Tieto-Finlandia-palkinnon.
Paunonen oli myös ensimmäisiä, joka oli tuomassa Suomeen sosiolingvistiikan tutkimusmenetelmiä esimerkiksi kirja-arvostelullaan (1971) William Labovin teoksesta The social stratification of English in New York City.
Paunonen on ensimmäisenä esittänyt, että suomen murteet pitäisi jakaa perinteisen kahtiajaon (länis- ja itämurteet) sijaan kolmia: Länsi- itä- ja pohjoismurteisiin. Pohjoismurteisiin kuuluisivat alamurrealueista keski- ja pohjoispohjalaiset murteet sekä peräpohjolan murteet.
Paunonen on ollut aktiivinen Kotikielen Seurassa. Sen 1. varaesimiehenä ollessaan hän kirjoitti Seuran 100-vuotishistorian Virittäjän juhlanumeroon 1976.