Numminen toimi valtakunnansuunnittelutoimiston kulttuuripolitiikan tutkijana vuosina 1962–1966, korkeakoulutoimiston toimistopäällikkönä opetusministeriössä 1966–1970, korkeakoulu- ja tiedeosaston osastopäällikkönä 1970–1972 ja kansliapäällikkönä 1973–1994.
Sivutoimia
Pohjoismaisen Kesäakatemian Suomen osaston sihteeri 1958–1962, pääsihteeri 1961–1962
Pietari-säätiön hallituksen puheenjohtaja 1992–1995, valtuuskunnan puheenjohtaja 1995–2004.
Sotavainajien muiston vaalimisyhdistyksen puheenjohtaja 1998–2002, kunniapuheenjohtaja 2002.
Topelius-seuran hallituksen puheenjohtaja 2000–2005, kunniajäsen 2007.
Numminen puhujana ja kirjoittajana
Jaakko Numminen piti kansliapäällikkövuosinaan ja myös eläkkeelle siirtymisensä jälkeen suuren joukon puheita erilaisissa tilaisuuksissa. Puheiden konseptit ovat lähes kokonaisuudessaan säilyneet, ja niiden määrä on noin 2000. Puheet antavat kuvan koulutus- ja kulttuuripolitiikan kehityksestä sekä sisältävät lukuisia omakohtaisia ehdotuksia. Puheista koottiin vuonna 2012 teos Pohjalaispuheita – Österbottniskt tal.
Numminen osallistui J. V. Snellmanin koottujen teosten toimitustyöhön, ja hän laati muun muassa Suomen nuorisoseuraliikkeen historian ja Keskustapuolueen historiikin. Vuonna 2020 Numminen julkaisi kaksiosaisen muistelmateoksen Sivistys-Suomen synty, jonka laajuus on yli 950 sivua.
Julkaisuja
Suomen nuorisoseuraliikkeen historia I.Helsinki:Otava, 1961.
Valikoima Suomen paikallishistoriallista kirjallisuutta.Helsinki:Maalaiskuntien liitto, 1961.
Suomen kulttuurihallinnon kehittäminen.Helsinki:Aalto, 1964.
Numminen, Jaakko & Hulkko, Jouko (toim.):Maakuntaitsehallinto.Helsinki:Suomalaisuuden liitto, 1965.
Numminen, Jaakko & Hulkko, Jouko (toim.):Maakuntapolitiikka.Helsinki:Suomalaisuuden liitto, 1965.
Paavilainen, Väinö & Niinisalo, Kauko V. & Numminen, Jaakko:Suomen matkailun nykytilasta ja kehittämistehtävistä.Helsinki:Valtakunnansuunnittelutoimisto, 1965.
Keskiasteen koulutuksen uudistaminen.Helsinki:Otava, 1977, 2. painos 1980.ISBN951-1-04506-7
Kalan torppa ja Toivolan yliopisto.Sivistysliitto kansalaisfoorumi, 2007.ISBN978-951-9461-37-3
Yhteisön voima: Nuorisoseuraliikkeen historia 1: 1881–1905. Synty ja kasvu.Helsinki:Julkaisija Suomen Nuorisoseurojen Liitto, kustantaja Edita, 2011.ISBN978-951-37-6029-8
Yhteisön voima: Nuorisoseuraliikkeen historia 2: 1906–1944. Järjestö.Helsinki:Julkaisija Suomen Nuorisoseurojen Liitto, kustantaja Edita, 2011.ISBN978-951-37-6030-4
Yhteisön voima: Nuorisoseuraliikkeen historia 3: 1906–1944. Seuratoiminta.Helsinki:Julkaisija Suomen Nuorisoseurojen Liitto, kustantaja Edita, 2011.ISBN978-951-37-6031-1
Yhteisön voima: Nuorisoseuraliikkeen historia 4: 1906–1944. Kansalaiskasvatus.Helsinki:Julkaisija Suomen Nuorisoseurojen Liitto, kustantaja Edita, 2011.ISBN978-951-37-6032-8
Yhteisön voima: Nuorisoseuraliikkeen historia 5: 1945–2006. Kansanliike elää.Helsinki:Julkaisija Suomen Nuorisoseurojen Liitto, kustantaja Edita, 2011.ISBN978-951-37-6033-5
Kun kansanliike syntyi: Etelä-Pohjanmaan Nuorisoseura 1880- ja 1890-luvuilla.Ilmajoki:Etelä-Pohjanmaan Nuorisoseura, 2012.ISBN978-952-93-0743-2