Ura
Valkonen oli koulutukseltaan agronomi ja maatalous- ja metsätieteiden tohtori. Hän toimi Suomen Akatemian nuorempana ja vanhempana tutkijana sekä akatemiaprofessorina. Hän oli kasvivirologian professori Ruotsin maatalousyliopistossa Uppsalassa. Kasvipatologian professori Helsingin yliopistossa hän oli vuodesta 2001 lähtien. Hän teki pidempiä tutkijavierailuja myös Britanniaan, Yhdysvaltoihin ja Perussa toimivaan kansainväliseen perunakeskukseen (International Potato Center). Professori Jari Valkonen on tunnettu erityisesti maailmanlaajuisesti tuotantomäärältään tärkeimpiin juureksiin eli perunaan, bataattiin ja maniokkiin (eli kassavaan) liittyvistä tutkimuksistaan.
Valkonen toimi Helsingin yliopiston maatalous-metsätieteellisen tiedekunnan tutkimuksesta ja jatko-opinnoista vastaavana varadekaanina. Vuoteen 2013 mennessä hän oli ohjannut jo noin 30 väitöskirjatyötä. Useat hänen väitöskirjaopiskelijoistaan ovat tulleet kehittyvistä maista. Väiteltyään he voivat viedä kotimaihinsa ajanmukaista tietotaitoa satoon vaikuttavista kasvitaudeista. Valkosen tutkimusryhmä on tehnyt yhteistyötä kehitysapuvaroin esimerkiksi Tansanian maatalousalan tutkimusasemien kanssa.
Palkinnot
Valkonen palkittiin väitöskirjapalkinnolla vuonna 1993 ja maataloustutkimuksen edistämisestä jaettavalla Mikko Sillanpää -palkinnolla 1994. Tunnustuksena pohjoismaisen koulutus- ja tutkimusyhteistyön edistämisestä hänelle myönnettiin vuoden 2004 NOVA-palkinto. Vuodesta 2004 lähtien hän oli Suomalaisen Tiedeakatemian jäsen. Merkittävän kasvivirologian Richard Francki -palkinnon hän vastaanotti vuonna 2005 ja Kasvinsuojeluseuran mitalin vuonna 2011.
