Jouko Juhani Kyösti Paunio (18. toukokuuta 1928 Helsinki – 19. kesäkuuta 2007 Espoo) oli suomalainen taloustieteilijä. Hän oli Helsingin yliopiston kansantaloustieteen professori 1966–1993 ja Suomen Akatemian tutkijaprofessori 1972–1975. Hänen tutkimusalaansa olivat inflaatio-, työllisyys- ja maksutaseongelmat. Paunio kuului suomalaisten taloustieteilijöiden O-ryhmään.
Hänen veljiään olivat professorit Ilkka Paunio ja Keijo Paunio.