Tarina
Varoitus: Seuraava kirjoitus paljastaa yksityiskohtia juonesta.
On kulunut kuusi kuukautta Sigman kukistamisesta, mutta kaikkia vihamielisiä Maverick-robotteja ei ole vielä tuhottu. X saa vastaansa kolme salaperäistä Maverickia jotka kutsuvat itseään nimellä "X-Hunters". X-Huntereilla on hallussaan edellisessä pelissä henkensä uhranneen Zeron osat. X yrittää päihittää kaikki kolme ja kerätä Zeron osat pelastaakseen ystävänsä. Samalla X saa myös tunkeutuu X-Huntersin tukikohtaan joka sijaitsee pohjoisnavalla. X saa loppuvaiheessa selville, että Sigma on yhä elossa uudessa ruumiissa.
- Mikäli pelaaja keräsi kaikki Zeron osat ajoissa, Sigma tuo paikalle mustan värisen väärennetyn Zeron. Oikea Zero ilmestyy paikalle ja tuhoaa kopion ja avaa X:lle tien Sigman luo.
- Jos pelaaja ei kerännyt Zeron osia, X joutuu taistelemaan Sigman aivopesemää Zeroa vastaan. Taistelun jälkeen Zeron muistot palautuvat ja hän pyytää anteeksi X:ltä, ja avaa tien Sigman luokse.
Lopulta X voittaa jälleen Sigman taistelussa ja palauttaa rauhan toiseen kertaan.
Hahmot
- Mega Man X: Maverick Huntereiden johtaja ja Dr.Lightin luomus. Ensimmäisen Mega Man X tarinan jälkeen, X johtaa joukkojaan loppujen Maverickien tuhoamiseen.
- Dr.Cain: Vanha tiedemies joka löysi aikoinaan X:n. Auttaa rakentamaan Zeron, mikäli pelaaja kerää kaikki Zeron osat.
- Violen: Yksi X-Huntereiden jäsenistä ja kaikista voimakkain. Isokokoinen Maverick joka tunnetaan sen raa,asta ja kaoottisesta taistelu tyylistä.
- Agile: Toinen X-Huntereiden jäsenistä. Käyttää aseena miekkaa.
- Serges: Kolmas X-Hunterin jäsen ja virallinen johtaja. Huhujen mukaan Serges uskotaan olevan Tohtori Wilyn toinen olemus.
- Zero: X:n hyvä ystävä ja Wilyn luomus. Zero palaa takaisin henkiin joko pelaajan toimesta, jos onnistuu keräämää kaikki osat tai Sigmanin toimesta.
- Sigma: X:n päävihollinen ja viimeinen vastustaja. Kun Sigma tuhottiin ensimmäisessä pelissä, tälle kehitettiin uusi ruumis. Sigmanin todellinen muoto paljastuu ensimmäistä kertaa, kun pelaaja onnistuu tuhoamaan Sigmanin ruumiin ja joutuu vielä taistelemaan tämän virus muotoa vastaan.
