Mikroevoluutio on evoluutiobiologian termi, jolla tarkoitetaan lajitasoa alempaa evolutiivista muutosta. Se ei ole makroevoluution eli uusien lajien syntyyn johtavan evoluution vastakohta, koska sillä tarkoitetaan aivan samoja eliöiden geneettisiä muutoksia tarkasteltuna lajirajojen yli.