Innocent Sin
Innocent Sinin juoni sijoittuu kolme vuotta edellisen pelin jälkeen. Tapahtumapaikkana toimii yli miljoonan asukkaan metropoli nimeltä Sumaru. Pelin hiljainen protagonisti on Tatsuya Suou (pelaaja voi kuitenkin antaa hänelle uuden nimen), joka opiskelee Seitsemän Sisaruksen lukiossa (Seven Sisters High School).
Tatsuya ja sekä opiskelija nimeltä Lisa Silverman saapuvat Sumarun vankilan lähelle Kasugayaman lukiossa opiskelevan Eikichi Mishinan pyynnöstä. Yhtäkkiä he kolme tapaavat Filemonin ja saavat kyvyn käyttää persoonaa. Eikichin toverit kokeilevat kutsua Jokerin, hovinarriksi pukeutuneen miehen, jonka huhutaan toteuttavan toiveita. Mutta jos joku epäonnistuu tai ei kykene esittämään sitä, Jokeri vie hänen "ihanteellisen energiansa" ja muuttaa sen tämän varjominäksi (Shadow Self). Jokeri tekee tämän Eikichin tovereille väittäen Tatsuyan, Lisan ja Eikichin tehneen hänelle jotain kauheaa vuosia sitten ja haluaa kostaa.
Seitsemän Sisaruksen lukioon leviää huhu, että lukion tunnus olisi kirottu ja lisäksi sinne alkaa ilmestyä demoneita. Persoonankäyttäjät tapaavat toimittaja Maya Amanon sekä edellisestä pelistä tutun Yukinon Mayuzumin, joka toimii Mayan valokuvaajana. Tatsuyan ja muiden tavoin hekin jäljittävät Jokeria ja demonien hyökätessä Maya huomaa olevansa myös persoonankäyttäjä. Taisteltuaan jonkin aikaa he saapuvat kellotorniin, jossa kerran opettaja nimeltä Akinari Kashihara oli tehnyt itsemurhan. Tornissa he tapaavat jälleen Jokerin ja lukion rehtori paljastuu hänen kannattajakseen.
Löytyään rehtorin, persoonankäyttäjät etsivät tietoa kirousta koskevasta huhusta yökerho Zodiacista. Paljastuu, että huhun levityksen takana oli Kasugayaman lukion oppilaskunnan puheenjohtaja, joka myös varasti lukion tanssiaisten aikana opiskelijoilta ihanteellista energiaa ja varastoivan sitä kristallikalloon. Hävittyään taistelun Tatsuyan ryhmää vastaan Yasuo kertoo kuuluvansa Naamioituneeseen piiriin (Masked Circle), Jokeria palvelevaan kulttiin. Kultin neljä ylintä jäsentä, "Johtajat" (Executives), keräävät ihanteellista energiaa muualta omiin kristallikalloihinsa.
Myöhemmin paljastuu että Tatsuya, Lisa, Eikichi ja Maya olivat tunteneet 10 vuotta sitten Kashiharan pojan, Jun Kurosun. Junin isäksi naamioitunut sekä Takahisa Kandorin toimia edellisessä pelissä manipuloinut Nyarlathotep oli uskotellut hänelle Mayan kuolleen tulipalossa ja siten saanut tämän ryhtymään Jokeriksi. Adolf Hitlerin hahmossa ja todelliseksi muuttamansa Hitlerin eliittijoukon, Viimeisen Pataljoonan (Last Batallion), avulla Nyarlathotep aktivoi Jokerin viemällä ihanteellisella energialla Sumarun alla olleen avaruusalus Xibalban, joka kuului ihmisten evoluutiota edistäneille avaruusolioille. Hävittyään taistelun Tatsuyan ryhmää vastaan ja menetettyään voimansa, Jun palaa järkiinsä. Yukino luovuttaa hänelle oman persoona-voimansa ja Jun liittyy muiden joukkoon estäkseen Nyarlathotepin suunnitelmat.
Viimeisen taistelun jälkeen kaikki tapahtunut paljastuu osaksi Filmeonin ja Nyarlathotepin koetta, joka testaisi voivatko ihmiset tulla täydellisiksi vai tuhoavatko he itsensä. Mutta sitten Maya joutuu Kohtalon keihään (Spear of Destiny) lävistämäksi ja tämä täyttää Maian oraakkelin ennustuksen, jossa vastineeksi tiettyjen ihmisten tulemisesta valaistuneemmiksi muu maailma tuhoutuu. Ainoastaan Sumaru ja Xibalba säästyvät. Mutta Filemon kertoo persoonankäyttäjien voivan tiukasti keskittymällä hävittää aikajatkumosta heidän ensitapaamisensa. Tämä puolestaan aiheuttaa sen, että he oikeasti unohtavat kaiken yhdessä kokemansa. He hyväksyvät tämän, mutta Tatsuya päättää säilyttää omat muistonsa.
Eternal Punishment
Eternal Punishmentin juoni sijoittuu muutama kuukausi Innocent Sinin jälkeen. Filemon oli Nyarlathotepin aiheuttaman tuhon peruuttamiseksi muuttanut aikajatkumoa, ettei edellisen pelin persoonankäyttäjistä Tatsuyaa lukuun ottamatta ei muistanut alkuperäisen aikajatkumon tapahtumia tai edes tavanneensa ryhmänsä muita jäseniä. Tällä kertaa Maya toimii hiljaisena protagonistina Tatsuyan Suoun sijaan.
Maya tutkii nimeä "JOKER" käyttävän sarjamurhaajan tapausta. Eräänä päivänä hän ja hänen huonetoverinsa Ulala Serizawa sekä Tatsuyan isoveli, rikosetsivä Katsuya Suou, tapaavat JOKERin Seitsemän Sisaruksen lukiossa, jossa tämä oli tappanut rehtorin. JOKER väittää tietävänsä "toisesta puolesta", jossa Maya oli ollut persoonankäyttäjä. Maya, Ulala ja Katsuya herättävät persoonansa. Tämän jälkeen he menettävät tajuntansa ja tapaavat Filemonin, joka kertoo antaneensa tämän voiman heille.
JOKERin päästyä pakoon Katsuya raportoi tapahtuneesta esimiehilleen ja kerää tietoa JOKERiin liittyvistä huhuista mieheltä nimeltä Baofu, joka on myös persoonankäyttäjä. Hän paljastaa tietoa, joka vihjaili JOKERin olevan Morimoton mielisairaalasta paennut Tatsuya Sudou (alkuperäistä Jokeria palvellut Kuningas Leijona). Tieto oli peräisin tämän isältä, Tatsuzou Sudoulta, joka tämän sinne alun perin lähetti. Baofu mukanaan Mayan joukko aloittaa Tatsuya Sudoun etsinnän ja saavan selville tämän palanneen mielisairaalaan. Sudou sanoo saaneensa voimiensa tulleen huhujen sekä päässään kuulemansa äänen kautta. Hänen onnistuu paeta tälläkin kertaa.
Mayan ryhmä yhdessä heidän toimiaan tarkkailleen Tatsuyan kanssa löytävät Sudoun seuraavan kerran Taivasmuseosta, jossa hän otti Jun Kurosun panttivangikseen. Hän aktivoi museoon asettamansa pommit sytyttäen paikan tuleen, mutta Tatsuya auttaa Mayan ystävineen pakoon ilmalaivalla. Sudou seuraa heitä, mutta Tatsuyan avulla Maya ja muut lopulta tappavat hänet.
Tatsuya katoaa, mutta muut päättävät ottaa selvää Tatsuzou Sudoun suunnitelmista. Kesken tutkinnan Ulalaan langetettu kirous uhkaa muuttaa hänet uudeksi JOKERiksi. JOKER saadaan kuitenkin sinetöityä pois hänestä. Pian tämän jälkeen selviää, että ensimmäisestä Persona-pelistä tutut Kei Nanjo ja Eriko Kirishima tutkivat Tatsuzoun johtaman Uuden Maailmanjärjestyksen toimintaa ja epäilevät ennustaja Chizuru Ishigamin kuuluvan siihen. Hekin päättävät liittyä Mayan ryhmään.
Ryhmä löytää merenalaisista rauniosta Uuden Maailmanjärjestyksen piilopaikan, jossa he tapaavat myös Tatsuzoun sihterinä toimivan ja kuolleista nousseen Takahisa Kandorin. Chizurun ja Kandorin hävittyä taistelun Mayan ryhmää vastaan paljastuu, että kaikki tapahtunut oli alkuperäisen aikajatkumon tapahtumien tavoin Nyarlathotepin aikaansaannosta. Nyarlathotep oli käyttänyt hyväksi sitä, ettei Tatsuya ollut unohtanut niitä tapahtumia ja pyrki palauttamaan Mayan ja muiden muistot tuhoutuneesta, alkuperäisestä aikajatkumosta, tuodakseen sen takaisin. Tatsuya puolestaan vain lainasi ruumista, joka kuului hänen versiolleen uudesta aikajatkumosta, löytääkseen keinon Nyarlathotepin lopulliseen kukistamiseen.
Lopulta persoonankäyttäjät kohtaavat Nyarlathotepin tajunnan ja alitajunnan välisessä tilassa ja voittavat hänet. Mutta Filemonin tavoin Nyarlathotep oli osa ihmiskunnan sydäntä, eikä voinut siksi kadota lopullisesti. Hänet ainoastaan karkotettiin väliaikaisesti jonnekin tuntemattomaan paikkaan. Nyt molempien aikajatkumoiden Tatsuyan oli irtauduttava toisistaan ja palattava omiin maailmoihinsa. Alkuperäisen aikajatkumon Tatsuya joutuisi myös unohtamaan siteensä toisiin persoonankäyttäjiin ikuisiksi ajoiksi.
.svg){kind=logo}
