Pertti Toivo Tapani Aarnio (s. 26. maaliskuuta 1949 Pori) on suomalainen lääkäri ja emeritusprofessori.
Pertti Aarnio syntyi apulaisasemapäällikkö Aatto Aarnion ja Aino Virtasen perheeseen. Hän avioitui 1970 opettaja Arja Lähteenmäen kanssa. Aarnio tuli ylioppilaaksi Porissa 1968 ja valmistui Turun yliopistosta lääketieteen lisensiaatiksi 1974. Lääketieteen ja kirurgian tohtoriksi hän väitteli 1988. Aarnio sai erikoislääkärin pätevyyden kirurgiassa 1981 ja thorax- ja verisuonikirurgiassa 1987.
Aarnio oli terveyskeskuslääkäri Porissa 1975–1976 ja on toiminut myös työterveys- ja yksityislääkärinä. Satakunnan keskussairaalassa hän oli apulaislääkäri 1976–1980 ja osastonlääkäri 1981–1985 ja Tampereen keskussairaalassa apulaislääkäri 1980–1981. Aarnio oli myös HYKS:issä apulaislääkäri 1985–1987 ja apulaisylilääkäri 1989–1994 ja toimi Satakunnan keskussairaalan kirurgian ylilääkärinä vuodesta 1994. Turun yliopiston kirurgian professori hänestä tuli 2001 ja Helsingin yliopiston kirurgian dosentti 1993. Aarnio oli vieraileva tutkija Mayo-klinikassa Yhdysvalloissa 1991.