Ura
Alaja pelasi maalivahtina SM-sarjassa Valkeakosken Hakassa, Oulun Työväen Palloilijoissa ja Helsingin Jalkapalloklubissa, jossa hän voitti Suomen-mestaruuden 1973. Kaikkiaan hän ehti pelata 110 Mestaruussarjan ottelua vuosina 1971–1977 ennen kuin siirtyi Tanskaan Ikastiin.
Ikastista Alaja siirtyi 23. helmikuuta 1980 ammattilaiseksi Kanadaan Edmonton Drillersin joukkueeseen. Hän kävi neuvotteluja myös Feyenoordin, Tukholman AIK:n ja Hammarbynn kanssa. Hän pelasi myös Ruotsissa Malmössä. Maajoukkuetta Alaja edusti ensimmäisen kerran vuonna 1973 ja pelasi uransa aikana yhteensä 29 maaottelua. Alaja pelasi myös käsipalloa SM-sarjatasolla.
Pelaajauransa jälkeen Alaja siirtyi valmennukseen ja järjestötehtäviin. Hän toimi valmentajana HIFK:ssa ja Pallo-Pojissa ja maalivahtivalmentajana Suomen maajoukkueessa. Alaja toimi Palloliiton pääsihteerinä 1991–2000 sekä varapuheenjohtajana 2004–2006. Vuonna 1998 Alaja tuomittiin sakkoihin opetusministeriön ylijohtajan Harri Syväsalmen lahjonnasta. Palloliitto oli maksanut Syväsalmelle kolme urheilumatkaa. Vuonna 2012 Nelosen uutiset kertoi, että Alajan varapuheenjohtajakaudella hänen luottokorttilaskuissaan oli epäselvyyksiä.
Alaja oli pohjoismaisen EM2008-kisaprojektin johtaja, mutta kisat myönnettiin Sveitsille ja Itävallalle. Vuonna 2008 Alaja valittiin 2010 MM-kisojen turnausjohtajaksi.
Urheilutoiminnan lisäksi Alaja työskenteli SOS-Lapsikylän toiminnanjohtajana ja kirjoitti runoja. Hänen esikoisteoksensa Hyvää yötä, Kleopatra ilmestyi vuonna 2007.
Alajalla diagnosoitiin tammikuussa 2017 syöpä, ja hän kuoli sairauteen elokuussa.
Marraskuussa 2017 Alajan nimettiin Captain’s Ballin saajaksi tunnustuksena merkittävästä ja positiivisesta työstä jalkapallon hyväksi. Samassa yhteydessä hänet nimettiin suomalaisen jalkapalloilun Hall of Fameen. Vuonna 2017 Jalkapallo-Säätiö perusti Alajan toiveesta hänen muistolleen Pertti Alaja -rahaston, joka tukee vähävaraisten ja syrjäytymisuhan alla olevien lasten ja nuorten jalkapallo- ja futsalharrastamista.
