Pertti Johannes Kaikkonen (s. 17. syyskuuta 1948 Kuusamo) on suomalainen geofysiikan emeritusprofessori.
Pertti Kaikkonen syntyi koneenhoitaja Eino Johannes Kaikkosen ja Aino Teodora Siirtolan perheeseen. Hän avioitui 1970 lehtori Marjatta Väisäsen kanssa. Kaikkonen tuli ylioppilaaksi Kuusamon yhteiskoulusta 1967 ja valmistui Oulun yliopistosta filosofian kandidaatiksi 1974 ja lisensiaatiksi 1979 ja väitteli siellä filosofian tohtoriksi 1980.
Kaikkonen oli Suomen luonnonvarain tutkimussäätiön apurahatutkija 1974–1977 ja Suomen Akatemian nuorempi tutkija 1979–1985 ja varttunut tieteenharjoittaja 1987–1989. Oulun yliopistossa hän oli geofysiikan tuntiopettaja ja assistentti 1972–1979 ja vs. apulaisprofessori 1978, dosentti 1983–1990, assistentti 1985–1989, apulaisprofessori 1990–1998 ja professori 1998–2014. Kaikkonen oli myös vieraileva tutkija Albertan yliopistossa Kanadassa 1976–1977 ja Alexander von Humboldt -säätiön stipendiaatti Göttingen Braunschweigissa Saksassa 1990–1991. Tutkijana hänen kohteitaan ovat olleet kiinteän maan, laskennallinen ja sovellettu geofysiikka.