Peli
Ennen kuin peli alkaa, nähdään nauhoitus, jossa esitellään uusi lelu, Doey the Doughman. Mainoksen jälkeen alkaa video, jossa Jack-niminen poika saa lahjaksi Doey-lelun ja kierroksen lelutehtaassa. Kuva vaihtuu kyseiseen lelutehtaan kierrokseen, jossa Jack jää taakse muista ja vahingossa horjahtaa reunan yli. Hän ei onnistu pitämään kaiteesta kiinni tarpeeksi kauan, jotta hänet ehdittäisiin nostamaan, ja tippuu muovailuvaha-altaaseen. Nauha katkeaa, kun häntä aletaan auttamaan.
Poppy ja pelaaja laskeutuvat hissillä tehtaan uumeniin. Poppy kehottaa pelaajaan jatkamaan matkaa samalla kun hän lähtee pelastamaan kissyä. Poppy kehottaa pelaajaa olemaan varovainen ja sanoo että alue on vaarallisempi kuin yksikään aiempi alue jonka läpi pelaaja on kulkenut, kutsuen sitä helvetiksi. Ennen lähtöään hän kertoo, että heillä on alueella liittolaisia, ja antaa pelaajalle ohjeeksi päästä heidän luokseen seuraamalla punaista savua. Poppy sanoo myös että tehtaan orpolapset voidaan vielä pelastaa ja kehottaa pelaajaa varomaan jotain, jonka nimeä Pelaaja ei kuule. Pelaaja jatkaa matkaa ja yrittää päästä lelutehtaan vankilalle. Vankilaan päästäkseen pelaajan täytyy kulkea luolaston kautta tehtaan kaatopaikalle joka on täynnä kuolleiden lelujen ruumiita. Pelaajan päästessä vankilan ovelle huoneen valot syttyvät, ovi sulkeutuu ja joukko pieniä leluja hyökkää pelaajan kimppuun. Pelaajan karkoitettua lelut valopanoksilla hänen täytyy etsiä toinen tie vankilaan.
Pelaaja kulkee ruumiskasan kautta luolastoon jonka toiselta puolelta hän löytää junan, jonka onnistuu käynnistämään laittamalla sähköt päälle, samalla Ollie soittaa. Hän kertoo pelaajalle Poppyn puhuneen totta alueen vaarallisuudesta ja kertoo että se on muuttunut entistäkin vaarallisemmaksi. Ollie lupaa auttaa pelaajaa parhaansa mukaan, minkä jälkeen pelaaja menee yhteen junan kyydissä olevista selleistä, jolloin sen ovi menee kiinni, Tohtori paljastaa olemassaolonsa ja juna lähtee liikkeelle. Tohtori kertoo pelaajalle aikovansa tehdä tällä kokeita ja sanoo että pelaaja ei voi piiloutua häneltä, tämän jälkeen pelaaja menettää tajuntansa epätasaisen kyydin takia, ja herää vankilalla, josta hänen täytyy paeta.
Pelaajan paetessa Tohtori testaa häntä lukitsemalla hänet samaan huoneeseen vihamielisten Nightmare Critters -pehmolelujen kanssa, Yrittämällä tappaa tämän punaisella kaasulla ja lähettämällä Yarnabyn pelaajan perään. Pelaajan paetessa tätä hän päätyy Pianosauruksen luokse ja vahingossa putoaa tämän eteen. Pianosaurus yrittää hyökätä pelaajan kimppuun, mutta Doey pelastaa hänet tappaen Pianosauruksen. Tämän jälkeen hän esittäytyy ja kertoo olevansa liittolainen, minkä jälkeen pelaaja etenee hänen johdollaan alueelle, joka toimii Doeyn ja hänen ystäviensä ja liittolaisten turvapaikkana ja jota he kutsuvat Turvasatamaksi (engl. Safe Haven). Vähän ennen paikkaa Poppy ja loukkaantunut Kissy vetävät pelaajan turvaan tämän takana kulkeneelta tuntemattomalta olennolta, jolla on hämähäkkimäiset jalat (Experiment 1006, Prototyyppi). Tämän jälkeen he kulkevat yhdessä Turvasatamaan, jossa he suunnittelevat tapaa päästä Prototyypistä eroon.
Poppy kertoo että tehtaan orpolapsia ei tapettu The Hour of Joyn aikana vaan heidät vietiin tehtaan laboratorioihin Prototyypin luokse, jossa he nukkuvat edelleen. Poppy kertoo että punainen kaasu on erittäin räjähdysherkkä. Hänen suunnitelmanaan on tuhota Prototyyppi, vapauttaa orpolapset ja sen jälkeen räjäyttää koko lelutehdas. Poppy pyytää pelaajaa menemään Doeyn luo sillä hänellä on pelaajalle asiaa. Doey esittelee pelaajalle turvasataman generaattorin ja kertoo että tohtorin todellinen nimi on Harley Sawyer ja että hän oli vastuussa elävien lelujen luomisesta. Doey selittää että tohtori hallitsee ympäröiviä alueita omni-kädellä jolla pystyy hallitsemaan tehtaan teknologiaa kuten ovia ja sähköverkkoa.
Doey selittää että turvasataman generaattori toimii erillään muusta sähköverkosta minkä vuoksi tohtori ei hallitse sitä, Pelaaja saa Doeylta tehtäväksi etsiä ja nujertaa Tohtorin, ja ottamaan hänen omni-kätensä. Doey kertoo myös pitävänsä muita turvasatamassa asuvia perheenään ja ei halua heidän menettävän kotiaan, minkä vuoksi hän pyytää pelaajaa harkitsemaan uudelleen Poppyn suunnitelman järkevyyttä. Etsiessään Tohtoria pelaajan pitää ratkaista pulmia ja ensin myös väisteltävä Yarnabya.
Ensimmäisten pulmien jälkeen Yarnaby alkaa jahtaamaan pelaajaa. Takaa-ajo päättyy Yarnabyn jäädessä kiinni kettingistä ja tippuessa kuiluun joka on täynnä laavaa, jonka jälkeen pelaaja menee hissiin. Hissin saavuttua pelaaja kohtaa Doeyn, joka kysyy tappoiko pelaaja tohtorin ja kertoo etsineensä osia turvasataman generaattoriin, samalla viereisestä putkesta alkaa virtaamaan nestemäistä typpeä mikä jäädyttää Doeyn, jolloin pelaaja muuttaa virtauksen suuntaa. Doey selittää että tohtori on tehnyt hänen liikkumisestaan mahdotonta sillä nestemmäinen typpi on hänen heikkoutensa. Tämän jälkeen pelaaja jatkaa matkaansa tehtaan leikkausosastolle, pelaajan yrittäessä avata leikkaussalissa olevaa ovea, tohtori jäädyttää käden paikoilleen nestemmäisellä typellä, kertoo Poppyn pimittäneen pelaajalta tietoja ja väittää tämän tienneen The Hour of Joyn suunnitelmista.
Pelaaja löytää huoneesta toisen sinisen käden jota hän käyttää saadakseen nestemmäisen typen virtauksen loppumaan, tehtyään näin pelaaja polttaa tohtorin keuhkot sähköllä ja saa selville Leith Pierren muutattaneen tohtori Harley Sawyerin experimentiksi eli Tohtoriksi tämän toistuvien virheiden takia ja että Pierre ei voinut tapattaa häntä, koska tarvitsi hänen älyään. Tämän jälkeen pelaaja etsii koodin joka avaa oven huoneeseen jossa tohtorin maksa sijaitsee. Pelaaja polttaa maksan sähköllä. Pelaajan poistuessa leikkausosastolta hänen oikea kätensä menee epäkuntoon tohtorin lähettämän sähköiskun vuoksi. Pelaajan yrittäessä ylittää aluetta joka on täynnä häkkejä tohtori pudottaa pelaajan alueelle. Hänen pitää etsiä paristoja samalla, kun välttelee suurikokoista Baba Chops -pehmolelua. Päästyään turvaan Baba Chopsilta, pelaajan on pakko tehdä päätös: joko hän ratkaisee pulman, ja viaton Simon Smoke -pehmolelu kuolee, tai Nightmare Critters -pehmolelut tunkeutuvat huoneeseen sisälle ja hyökkäävät pelaajan kimppuun.
Pelaajan on pakko ratkaista pulma ja näin ollen Simon Smoke -pehmolelu tuhoutuu. Tämän jälkeen pelaaja saapuu Tohtorin luokse. Päästyään Tohtorin luokse tämä pudottaa pelaajan lattian läpi tilaan jossa tämän pitää löytää pattereita avatakseen tien Tohtorin keskusyksikölle irroittaakseen sen ja tuhotakseen hänet, samalla kun Tohtori ja osa tämän lukuisista kopioista yrittää tappaa pelaajan, samalla pelaaja löytää avainkortin tohtorin toimistoon. Tohtorin kukistuttua pelaaja löytää tohtorin toimistosta VHS-kasetin jolla Tohtori ja Prototyyppi keskustelevat: Prototyyppi on pettynyt tohtoriin sillä tämän neuvot eivät ole tuottaneet hänelle toivottuja tuloksia.
Prototyyppi kysyy tohtorilta tekikö hän virheen antaessaan tämän elää, jolloin tohtori kiistää tämän ja sanoo heidän tarvitsevan vain lisää aikaa, Prototyyppi sanoo että heillä ei ole enää aikaa, jolloin tohtori kehottaa Prototyyppiä järjestämään lisäaikaa tai antamaan hänelle pääsyn tehtaan laboratorioihin josta Prototyyppi kieltäytyy. Tohtori toteaa ettei Prototyypillä ole henkilökuntaa tai koehenkilöitä joten olosuhteet ovat hyvin hankalat. Tohtori kertoo että Prototyyppi ei voi olettaa pystyvänsä pääsemään tavoitteeseensa niin nopeasti kun hän kuvittelee, johon Prototyyppi vastaa sanomalla olosuhteiden pakottavan hänet toimimaan nopeasti. Tohtori vastaa prototyypille sanomalla että hän kertoo tälle vain totuuden ja että he yksinkertaisesti tarvitsevat lisää aikaa tai se mitä he yrittävät tehdä ei tule onnistumaan. Tohtori korostaa myös että hän pystyy hallitsemaan vain vankilaa, jolloin prototyyppi epäilee tämän hyödyllisyyttä. Tohtori naurahtaa ja sanoo Prototyypin olevan tietoinen siitä että tämä tarvitsee häntä sisällään olevan salaisuuden löytämiseen, tohtori toteaa että jos näin ei olisi, Prototyyppi olisi jo tappanut hänet.
Prototyyppi sanoo tohtorin tehneen itsestään hyödyllisen ja pyytää tätä tarjoamaan hänelle enemmän vaihtoehtoja sillä hän aikoo yrittää uudelleen. Tohtori myöntyy tähän jolloin Prototyyppi varoittaa tohtoria hidastelemisesta muistuttaen että hänen hyödyllisyytensä oli ainoa syy sille että häntä ei tapettu. Tämän jälkeen pelaaja päivittää aiemmin luvussa saamansa punaisen käden omni-kädeksi, mikä samalla korjaa koko oikean käden.
Pelaaja palaa Turvasatamaan, jossa hänen pitää omni-käden avulla korjata generaattori. Ennen kuin hän ehtii käynnistämään sitä, Ollie varoittaa Prototyypin olevan Turvasataman ulkopuolella, jolloin pelaajan on käynnistettävä generaattori nopeasti Ollien avustuksella Doeyn pidätellessä Prototyyppiä. Generaattorin käynnistys onnistuu, minkä jälkeen Poppy lähettää pelaajan asettamaan pommeja perustuksiin ja räjäyttämään ne. Hän löytää pommit ja asettaa ne, mutta ennen räjäytystä hänen pitää käynnistää kaasun virtaus jotta räjähdys aiheuttaisi mahdollisimman paljon tuhoa. Tätä tehdessään hän löytää kasetin, joka on jatkoa luvun alussa nähdylle nauhalle: Muovailuvaha-altaaseen tippunut poika, Jack, on sen seurauksena muuttunut Doeyksi ja menettänyt muistinsa. Kun hän kyseisen tapaturman jälkeen herää, hänen vanhempansa päästetään sisään huoneeseen, jossa Doey on.
Syyllisyydentuntoinen äiti yrittää jutella hänelle, mutta Doey ei halua ja valittaa lempeiden äänien valehtelevan, pistävän ja satuttavan. Doey yrittää saada vanhempansa lähtemään, mutta äiti ei suostu, jolloin Doey sekoaa ja tappaa ensin äitinsä ja sitten epätoivoisesti huoneesta ulos pyrkineen isänsä, joita ei edes yritetty pelastaa. Tämän jälkeen Doey alkaa itkemään, mihin nauha loppuu. Tämän jälkeen pelaaja käynnistää kaasun virtauksen, minkä jälkeen hän juoksee pois pommien luota ja tapaa Doeyn. Pommit räjähtävät, mutta räjähdys ei vaikutakaan tulleen perustuksista, vaan Turvasataman suunnalta, jolloin pelaaja ja Doey kiiruhtavat Turvasatamaan, jossa käy ilmi räjähdyksen tapahtuneen siellä.
Räjähdyksen seurauksena Poppy ja Kissy ovat kadonneet ja muut Doeyn ystävät kuolleet, minkä seurauksena tämä menettää järkensä ja alkaa syyttämään pelaajaa ja Poppya heidän kuolemistaan. Hän aikoo tappaa pelaajan, mutta katto sortuu hänen päälleensä, minkä seurauksena hän mutatoituu, minkä jälkeen hän alkaa jahtaamaan pelaajaa. Takaa-ajo päättyy alueelle, jossa pelaaja jäädyttää Doeyta nestemmäisellä typellä ja leikkaa häntä sirkkelillä kolme kertaa, minkä jälkeen tämä vaikuttaa kuolleen. Pelaaja jatkaa matkaa, mutta pian Doey ilmestyy uudelleen, jolloin pelaaja jäädyttää hänet taas, mutta tällä kertaa Doey onnistuu kuitenkin pysymään liikkeessä. Pelaaja kuitenkin laskee hänen päällensä jättimäisen poran, jota tämä ei pysty pidättelemään kuin vain hetken. Hän alkaa kuitenkin katumaan, ja juuri ennen kuolemaansa sanoo pelaajalle olevansa pahoillaan. Tämän jälkeen pelaaja alkaa etsimään selviytyjiä, ja löytääkin Poppyn ja Kissyn ilmastointikanavasta.
Poppy yrittää saada yhteyden Ollieen mutta epäonnistuu, minkä jälkeen hän alkaa puhumaan pelaajalle syyttävällä sävyllä: Hän ei pidä siitä, että pelaaja tappoi Doeyn ja epäilee asettiko pelaaja pommit. Tämän jälkeen Ollie soittaa ja paljastaa olevansa oikeasti Prototyyppi. Prototyyppi julistaa taistelun ja pakenemisen olevan turhaa ja että näytelmä on päättynyt (engl. The charade is over). Poppy kertoo että Huggyn, Mommyn ja Catnapin kuoltua Prototyypillä ei ole enää liittolaisia ja pian hänen elämänsäkin riistetään häneltä, jolloin Prototyyppi sanoo että Poppyn ei tarvitse enää teeskennellä itseään vahvempaa ja että tämä voi palata kotiin. Poppy kysyy prototyypiltä kuinka paljon tämä tietää, jolloin Prototyyppi paljastaa tietävänsä kaiken. Poppyn kysyessä oliko Ollie aina vain pelkkä valeidentiteetti, Prototyyppi paljastaa, että Ollie oli joskus oikeasti olemassa. Tämän jälkeen Prototyyppi sanoo etsivänsä Poppyn ja että tämän jäljellä olevat liittolaiset hoidellaan. Poppyn kysyessä Prototyypiltä mitä tämä aikoo tehdä hänelle, tämä vastaa valmistelleensa Poppylle jotain erityistä josta tämä ei koskaan haluaisi lähteä. Poppyn syyttäessä Prototyyppiä valehtelusta tämä vastaa tehneensä niin vain siksi että Poppy ei ollut ymmärtänyt hänen näkökulmaansa.
Prototyyppi kertoo ottaneensa pelaajan asettamat pommit ja sanoo pahaenteisesti käyttävänsä niitä parempaan tarkoitukseen. Prototyyppi ilmaisee olevansa pettynyt siihen että kaikesta kaapissa vietetystä ajasta huolimatta Poppy ei vieläkään ole ymmärtänyt sitä, että kaikki tehtaan tapahtumat ovat pohjimmiltaan kietoutuneet hänen ja prototyypin välisen siteen ympärille, siteen jota ei voi katkaista, sillä se voi hänen mukaansa olla paljon tiiviimpi. Prototyyppi kehottaa Poppya palaamaan kotiin (eli kaappiin) jolloin epätoivoinen Poppy lähtee pois. Prototyyppi ilmoittaa löytävänsä Poppyn ja kehottaa pelaajaa ja Kissyä putoamaan jaloilleen. Tämän jälkeen alkaa tikitys, ja Kissy pelastaa pelaajan räjähdykseltä, mutta he jäävät roikkumaan kuopan reunalle.
Loukkaantunut Kissy pitää pelaajasta kiinni kädellään, joka kuitenkin irtoaa, ja pelaaja tippuu kuoppaan, mutta selviää. Hän nousee ja alkaa tutkimaan paikkaa päätyen Laboratorion sisäänkäynnille jossa kasvatetaan unikkokukkia, huoneessa on kasetti, jolla Leith Pierre kertoo ystävällisellä äänensävyllä, että jos sinne on eksynyt, niin laboratorion tiedemiehet auttavat kyllä. Tämän jälkeen hän naurahtaa, minkä jälkeen hälytys laukeaa ja hän myöntää, ettei nauhan katsojan pitäisi olla siellä ja että jos hänet löydetään sieltä, niin hänet ammutaan.
Pois hiippaileminenkaan ei auta, koska hälytys pitää huolen, että joku löytää nauhan katsojan. Jos siis Pierre olisi nauhan katsoja, hän alkaisi juosta. Samaan aikaan Pelaaja näkee oven ikkunasta Kissyn näköisen hahmon lähestyvän. Tämä kuitenkin paljastuu ensimmäisestä luvusta selvinneeksi mutta haavoittuneeksi Huggy Wuggyksi, joka alkaa paiskomaan ovea punaisen kaasun noustessa pelaajan puolelle ovea. Luku päättyy tähän.
