Puerto Villamil on pieni satamakylä Galápagossaariin kuuluvalla Isabelan saarella. Vuoden 2010 laskennassa sen väkiluku oli noin 2 000.
Kalastus on ollut perinteinen elinkeino, mutta matkailun merkitys on kasvamassa.
Kylän perusti kenraali José de Villamil vuonna 1832.
