Seura perustettiin sisällissodan jälkeen vuonna 1940 Deportivo Gallon ja Unión Deportiva Eibarresan yhdistyessä, ja se tunnettiin alun perin nimellä Eibar Fútbol Club. Eibar on pelannut 26 kautta Espanjan toiseksi korkeimmalla sarjatasolla Segunda Divisiónissa, ja se voitti sarjan mestaruuden kaudella 2013–2014. Vuosina 1988–2006 se pelasi Segundassa 18 peräkkäistä kautta, mikä on sarjan ennätys. Korkeimmalle sarjatasolle Primera Divisióniin seuran edustusjoukkue nousi ensimmäistä kertaa kaudelle 2014–2015.